Мария, хотя и не без посторонней помощи, организовала Тайный совет, при посредстве которого могла управлять, утвердила свое право ходить к мессе частным образом и явила себя народу в Эдинбурге. Определились ее явные союзники и противники среди знати, и королева чувствовала, что противников можно пока игнорировать. Нокса она позвала к себе из любопытства и была поражена его отношением к религии. Он был духовным лидером растущей группы населения, но его религия для Марии не имела никакого смысла. Для нее религия подразумевала ежедневную мессу и призвана была давать утешение и успокаивать, а не беспокоить и провоцировать. Поэтому она классифицировала Реформацию как религиозное движение несомненной важности для тех, кто к нему присоединился. Но если реформисты демонстрировали терпимость к людям ее веры, их можно было игнорировать как нечто, пока не требовавшее от нее действий.
Следующим шагом Марии было показать себя населению за пределами Эдинбурга, и 11 сентября 1561 года, прежде чем наступающая осень обозначила приближение ее первой зимы в Шотландии, она направилась в Линлитгоу. Покинув дворец восемнадцать лет назад восьмимесячным младенцем, чтобы найти убежище в Стирлинге, она совершенно его не помнила. Но теперь по случаю ее возвращения знаменитый фонтан ее отца бил вином, а самые любимые гобелены, отосланные туда заранее, украшали стены. Дворец был сильно перестроен Джеймсом Хэмилтоном из Финнарта, незаконнорожденным сыном герцога де Шательро. Он посещал Блуа и Амбуаз на Луаре и наверняка был представлен ценнейшему трофею Франциска I — Леонардо да Винчи. Домой, в Шотландию, Хэмилтон привез лучшие произведения французского искусства и, перестраивая замок, позаботился о том, чтобы французы не воротили носы, так что вместо презрительных усмешек во дворце были слышны вздохи восхищения, а изысканные резные обрамления окон и — еще в большей степени — расположение дворца на пологом склоне холма на берегу большого озера вызвали одобрительный шепот. На горизонте, за озером и рекой Форт, лежали холмы Файфа, намек на более высокие горы на севере страны. Пейзаж был совсем не похож на долину Луары, а дворец, что немаловажно, ясно указывал на существование шотландского архитектурного стиля, который, хотя и был заимствован из Франции и Италии, обладал собственным изяществом.
Мария, проехав через город, присутствовала на банкете, данном в ее честь исполненными благоговения местными дворянами, пока придворные отдыхали на берегу озера. Через два дня королевская свита проследовала тем же путем, что и гонец с известиями о ее рождении девятнадцать лет назад. Мария прибыла в Стирлинг и расположилась в замке, некогда бывшем ее вторым домом.
Мария де Гиз в свое время наняла французских каменщиком и штукатуров, чтобы воплотить в жизнь желания Якова V, поэтому Стирлинг относился к французскому стилю в большей степени, чем Линлитгоу. Планировка и отделка королевских апартаментов были похожи на крепость Гизов — Жуанвилль — настолько, что три дяди Марии почувствовали себя как дома и начали склоняться к тому, что ее будущее, пожалуй, не так уж мрачно. Особенностью Стирлинга было множество вырезанных из дерева изображений, смотрящих с потолка. Сейчас на внешних балках располагается множество разнообразных резных фигур, одна из них — возможно, сам Финнарт со сломанным мечом. Даже Брантом теперь считал, что жизнь в Шотландии, в конце концов, не такая уж и варварская.
Тем не менее Мария едва избежала смерти, когда горящая свеча подожгла занавеси и полог ее кровати, пока она спала. Поскольку занавеси были задернуты на ночь, она в ужасе проснулась, окруженная языками пламени. Нокс, как обычно, истолковал это как предвестие ее правления в Шотландии; ведь за ней везде следовало пламя. Несколько дней спустя, 14 сентября, ее «благочестивые капелланы» должны были отслужить мессу в Королевской капелле, в которой ее когда-то короновали, но им не позволили это сделать Аргайл и лорд Джеймс, которые «настолько жестоко напали на хор, что некоторые его члены — и священники, и клирики — покинули свои места с разбитыми головами, а из их ушей текла кровь. Для совершивших это деяние все представлялось забавой». Учитывая, что сам лорд Джеймс вел переговоры о беспрепятственном отправлении мессы в королевской часовне в Холируде, это событие кажется выходкой пьяного хулигана.