1 ноября она отпраздновала День Всех Святых торжественной мессой, музыка к которой, вероятно, была написана Робертом Карвером, однако после мессы священник был избит, и все ожидали новой прокламации, объявлявшей мессу частным делом Марии. Однако никакой прокламации не последовало. Казалось, что Холируд придерживался политики бездействия. Мария уже совершила первую поездку по стране или, по крайней мере, по части ее территории, получила приветствия жителей Эдинбурга и обустраивалась на новом месте, во дворце Холируд. По стенам развешивали гобелены, полы укрывали коврами, а повара приспосабливались к тонкостям французской кухни. Лошади Марии все еще находились в Берике. Ее дяди Гизы, за исключением маркиза д’Эльбёфа, вернулись во Францию. Герцог Омаль отплыл на королевской галере, а главный приор и монсеньор де Дамвиль отправились сушей, получив от Елизаветы охранные грамоты.
Марии удавалось подчинять события собственным целям. Когда 16 ноября она разбудила весь дворец, «так как ночью ей привиделось, что на подъездах ко дворцу появились всадники и он окружен», была поднята тревога и вооруженные стражники обыскали окрестности. Всё оказалось в порядке, и придворные вернулись в постели. Подозрение пало на Аррана, который, по слухам, собирался прибыть в Эдинбург во главе своих многочисленных родственников Хэмилтонов и захватить королеву в плен, хотя ничего подобного и не произошло. В результате Мария получила личную охрану из двенадцати алебардщиков; это число она вскоре удвоила. Не без причины подозрительный Рэндолф считал, что все это дело заварила сама Мария.
Несколько ночей спустя ночной отдых эдинбургцев прервал новый скандал. Босуэлл, д’Эльбёф и брат лорда Джеймса, лорд Джон Стюарт, развлекались вместе с «красивой девкой» Элисон Крейк и ее подругами. К несчастью, Элисон была известна также как «шлюха» Аррана, и во время следующего визита веселую троицу встречала вооруженная толпа Хэмилтонов. Д’Эльбёф побежал за своей алебардой, крича, что и десять человек не удержат его от сражения, позвали городскую стражу, а Рэндолф наблюдал за стычкой в безопасности своих покоев: «Я счел, что мудрее будет посмотреть на них из окна, а не присоединяться к ним». В результате Босуэлл в очередной раз был ненадолго изгнан из Эдинбурга, а Арран совсем лишился расположения Марии.
Проблема, которой надлежало заняться теперь, по-прежнему занимала умы всех сплетников Европы. Папский представитель в Лувене монсеньор Коммендоне писал кардиналу Борромео 23 ноября: «Королеве следует как можно быстрее решиться и выйти замуж за человека, способного искоренить в королевстве ересь». Как едко заметил современный историк Маркус Мерримен, «Мария как личность имела гораздо меньше значения, нежели Мария как разменная монета династической политики».
Папа Пий IV написал Марии 3 декабря, напоминая ей об обязанностях католического суверена. «Будь настойчива и постоянна — помни, какой добродетельной была Мария», — советовал он ей, имея в виду правление Марии Тюдор, когда было сожжено более трехсот протестантов. По крайней мере на время, Мария предпочитала отложить решение этой проблемы. Двор обустроил все для наслаждения жизнью, и Мария сосредоточилась на том, что умела делать лучше всего.
На Лит Сэндс половина придворных-мужчин переоделась женщинами, а другие надели маски, чтобы «играть в кольцо». По правилам игры всадники старались пронзить копьем круг из ткани, привязанный к шесту. Вскоре после этого Мария отдала полностью противоположное распоряжение, приказав придворным облачиться в траур по случаю первой годовщины смерти Франциска II. Никто из шотландских дворян не последовал приказу. Во время поминальной мессы Мария приблизилась к алтарю с пожертвованием — большой восковой свечой, обтянутой черным бархатом. Она с энтузиазмом участвовала в более театрализованных церковных церемониях: на праздник Сретения несла больше свечей, чем все ее придворные, вместе взятые. В Чистый четверг на Страстной неделе 1567 года Мария явилась, должным образом одетая в простой белый фартук, чтобы омыть ноги двадцати четырем девицам — по числу прожитых ею лет. Чтобы совершить это простое покаянное действие, Марии потребовалась помощь сорока шести придворных.