В Глазго Мария призвала к всеобщей мобилизации и потребовала, чтобы мятежники сдались ей в Сент-Эндрюсе 11 сентября. Атолла назначили генеральным лейтенантом Севера вместо Аргайла; Ленноксу были даны в управление западные графства — от Стирлинга до Солуэя; а Босуэлл после целого букета приключений — судов, оправданий, изгнаний и побега из пиратского плена — был назначен генеральным лейтенантом Средней марки. Тем временем Мария написала Филиппу II Испанскому, заверяя его как защитника католической веры, что она неколебима в своем благочестии, и просила уверений в его поддержке.
Вскоре после своей свадьбы Мария освободила лорда Джорджа Гордона из-под домашнего ареста в Данбаре и вернула ему титул графа Хантли. Поскольку Гордон считал Морея виновным в смерти отца и брата, он был только рад присоединиться к армии возмездия. Теперь у Марии были три компетентных военачальника — Атолл, Босуэлл и Хантли. По поводу поста главнокомандующего начались раздоры, и в итоге Леннокса назначили командовать авангардом, а Босуэлл и Дарнли без всякого удовольствия разделили должность командующего главными силами. Это вызвало «стычки» между Марией и Дарнли. С учетом всех этих разногласий оказалось весьма кстати, что армии не пришлось участвовать в сражении. Мария и Дарнли чувствовали, что могут стать жертвами народного восстания, а французскому послу Мовиссьеру поведали, что они боялись быть убитыми. Посла попросили передать Елизавете просьбу о помощи.
Проигнорировав Эдинбург, Мария проследовала к северо-востоку — в Файф, а затем — через Тэй к Данди. Город отказался объявить о своей лояльности, и Мария, у которой уже кончались деньги, вынуждена была заплатить городу за поддержку две тысячи шотландских фунтов. Она вернулась в Эдинбург, заняла 10 тысяч марок (6667 шотландских фунтов) и написала Елизавете, заверяя ее в любви и дружбе. Она также попросила у Елизаветы три тысячи солдат. Просьбу вежливо проигнорировали. Мятежники тоже писали Елизавете, прося денег и людей для защиты своей религии, жизни и наследства. Елизавета вполне разумно призвала к прекращению военных действий и общей амнистии. Теперь, когда Босуэлл и Хантли объединились ради общей цели — 22 февраля в церкви Канонгейт в Эдинбурге Босуэлл должен был жениться на леди Джин Гордон, сестре Хантли, — королевская армия промаршировала на юг, чтобы встретиться с мятежниками лицом к лицу в Дамфризе, но по прибытии обнаружила пустой город: мятежники бежали в Ньюкасл. 18 октября Мария вернулась в Эдинбург из «упомянутого рейда, в котором ничего не было достигнуто».
Для Марии рейд оказался возможностью организовать королевскую поездку и показать себя народу в доспехах и шлеме. Однако вместо того, чтобы собираться в восторженные толпы, «при их приближении народ ускользал». Популярность королей в Шотландии была условной; верность нужно было заслужить, и даже если этого удавалось достичь, сохранение ее требовало дополнительных усилий. Диана де Пуатье знала, что показное смирение время от времени приносит богатые плоды, однако Марии смирение не было знакомо.
Распространилось множество слухов, поскольку вся Европа ожидала, что Мария может воспользоваться своей кажущейся победой, чтобы восстановить позиции католической церкви. Мария и Дарнли отправили посольство к Филиппу II, прося помощи в восстановлении католичества и смещении Елизаветы в Англии. Филипп немедленно информировал нового папу о том, что может произойти. Оба понимали, что просьба была предназначена лишь для того, чтобы обосновать свою позицию на случай настоящей войны с Англией. Однако папа Пий V ошибочно полагал, что рейд являлся войной католиков и протестантов, и 10 января похвалил Марию: «Мы поздравляем Ваше Величество с тем, что благодаря этому важному деянию Вы начали рассеивать тьму, в течение многих лет собиравшуюся над королевством, и возвращать его к свету истинной веры — завершите то, что начали». Мария в данном случае проявила мудрость и проигнорировала этот совет.
Удовлетворение, ощущавшееся Марией по окончании этого галантного фиаско, отразилось в проявлении чувств по отношению к Дарнли, с энтузиазмом игравшему роль рыцаря-сотоварища. 31 октября Рэндолф сообщал о слухе касательно беременности королевы: «Каковы его основания, я не знаю».
Мятежные лорды собрались теперь в Ньюкасле, надеясь на невозможное, а именно — на помощь Елизаветы. Чтобы получить ее, Морей отправился в Лондон, предварительно написав Сесилу, что он никогда не начал бы восстание, если бы не данное Елизаветой обещание поддержки. Английский Тайный совет немедленно написал Морею, умоляя его не приезжать, но тот был исполнен решимости и 23 октября, взяв с собой для моральной поддержки аббата Килвиннинга, лично встретился с Елизаветой. Он совершил непростительную ошибку, принудив Елизавету к принятию решения, и ее реакция оказалась совершенно предсказуемой.