«Вспомните, как вначале вы всегда приходили в мою спальню, приходили до тех пор, пока этот Дэви не стал вам близок. Разве у меня есть телесный недостаток? Или вы обижены на меня? Что я вам сделал, что вы не обращаетесь со мной так же, как раньше? Ведь я готов делать все, что хорошему мужу полагается делать с женой… В день нашей свадьбы вы обещали повиноваться мне, а также сказали, что я буду равен вам и стану участвовать во всех делах. Полагаю, что вы стали вести себя иначе по отношению ко мне по наущению этого Дэви!»
Мария обернулась к Рутвену, ставшему свидетелем этой семейной ссоры, и призвала на его голову гнев всей Европы: короля Франции, кардинала Лотарингского, ее дядей во Франции и даже папы. Рутвен ответил, что он слишком незначителен для таких важных людей. Мария продолжала: «Если я или мое дитя умрем, отвечать за это придется вам». Рутвен неубедительно произнес, что собирался только повесить Риццио и даже принес с собой веревку, но теперь королева — пленница и ее отвезут в замок Стирлинг, где ей предстоит ждать рождения ребенка. Если Марию попытаются освободить, «ее разрежут на кусочки и сбросят с крыши». Рутвену нравилась эта угроза. Мария спросила Дарнли, где его кинжал, и тот ответил, что «точно не знает». «Что ж, — ответила она, — это станет известно потом». Мария также заверила Рутвена и Дарнли: «В моем животе находится тот, кто отомстит за эти жестокости и оскорбления».
Семейная сцена могла бы продолжаться, однако дворец был охвачен смятением и тревогой. Одна из Марий прибежала к королеве с известиями о резне в приемном покое, и та крикнула ей: «Довольно слез! Теперь я буду думать о мести!» Графы Атолл, Босуэлл и Хантли, чьи комнаты находились в восточном крыле дворца, сбежали, «выпрыгнув из окна в маленький сад, где держали львов». Атолл и Летингтон укрылись в замке Атолла неподалеку от Данблейна, а Хантли и Босуэлл бежали в Крайтон, замок Босуэлла в Восточном Лотиане. Зазвонил «общинный колокол» Эдинбурга, и ко внешнему двору прибыл провост с наскоро собранными горожанами, однако Дарнли, свесившийся из окна, прокричал им, что все в порядке.
Затем Дарнли удалился, и Мария, оставшись в одиночестве, оценивала ситуацию. Выйдя замуж за Дарнли, она оттолкнула от себя партию Морея и Аргайла, дошедших до вооруженного восстания. Полагаясь на совет католика-иностранца Риццио, она подтолкнула к убийству партию Мортона и Рутвена. Она знала, что Морей и Аргайл скоро окажутся в Эдинбурге, если уже не приехали туда. Если бы Марии удалось нейтрализовать влияние Дарнли и хотя бы внешне получить контроль над ситуацией, тогда она смогла бы простить мятежников и привлечь их на свою сторону. С их помощью и благодаря советам мудрого Летингтона — которого нигде не было видно — она смогла бы вернуть себе уважение и, при благоприятных обстоятельствах, произвести на свет наследника. Но ее первой задачей было подчинить себе блудного мужа и сбежать из-под стражи, установленной партией Мортона — Рутвена.
Ночью Дарнли написал приказ о роспуске парламента, однако ему было запрещено видеть Марию, ставшую пленницей в собственных покоях. На следующее утро, в воскресенье 10 марта, Мелвилл убедил заговорщиков позволить ему выйти из дворца, чтобы посетить утреннюю службу в церкви Сент-Джайлс. Когда он выходил из ворот, Мария прокричала ему из окна приказ поднять город. Поскольку Дарнли заверил провоста в том, что все в порядке, а народ «был так недоволен правительством, что желал перемен», из этого ничего не вышло.
В тот же день, когда Мария находилась в туалете, леди Хантли подала ей закрытую чашу, однако присутствовавший при этом Патрик Линдси сорвал крышку и обнаружил веревочную лестницу. В последовавшей за этим суматохе Мария передала леди Хантли письмо, излагавшее ее планы. Возникло подозрение, что Мария может попытаться сбежать, переодевшись служанкой, — что было маловероятно для самой высокой женщины во дворце, — и был отдан приказ «не пропускать ни одной дворянки, не сняв с нее вуали».
Втайне заговорщики опасались влияния Марии на Дарнли: «Она убедит вас следовать ее воле и желаниям, ведь она училась этому с юности во Франции», однако она согласилась принять мужа в своей постели, хотя он возражал против присутствия ее придворных дам. Женщин подобающим образом отослали, но в ту ночь Дарнли заснул в собственных покоях и Марии не пришлось спать с ним. Заговорщики отметили, что «король опять обабился», однако у них на руках оставался козырь — Мария была у них в плену.
Мария наконец показала, что во Франции она усвоила политические уловки. Теперь, когда ее собственной жизни и жизни еще нерожденного ребенка угрожала опасность, она употребила их с пользой. Дарнли понятия не имел, что делать дальше, осознав, что отдал себя в руки Мортона и заговорщиков. Если бы его даже и провозгласили королем, он стал бы их марионеткой, но в то воскресенье Мария убедила его, что вместе они справятся с трудностями. Мария имела опыт общения со слабыми принцами, и ей легко удалось убедить Дарнли, играя на его тщеславии и амбициях.