Московский комитет РСДРП стремился наладить связи с кружками, которые имелись на предприятиях города и губернии. Кружки эти занимались главным образом распространением нелегальной литературы, пропагандой. МК РСДРП выпустил несколько прокламаций в помощь кружкам, даже начал выпускать газету «Волна», но вышло всего два номера.
Как и в других организациях, в Московской идет борьба с «экономизмом». Среди руководителей рабочих кружков встречалось немало сторонников этого течения. Они увлекались агитацией на почве лишь экономических требований, защищали раздробленность и кружковщину. Массовые аресты среди революционных социал-демократов способствовали усилению «экономизма» в рабочем движении.
В такой сложной обстановке начинает Мария Ильинична свою деятельность в Московской организации РСДРП. Каждый день уезжает в город — встречается с товарищами на конспиративных квартирах, участвует в создании подпольной типографии, в работе кружков, распространяет нелегальную литературу.
Осложняло работу в Москве и еще одно обстоятельство. В то время во главе Московского охранного отделения стоял полковник Зубатов. Он содействовал распространению среди рабочих популярной литературы «экономистов», основательно наладил слежку за революционерами, а главное — широко раскинул сеть провокаторов в социал-демократических кружках. Некоторые из них были связаны только с ним и так засекречены, что разоблачили их долгие годы спустя. Лишь после революции была расшифрована некто Серебрякова, на квартире у которой бывали руководители московской организации. Встречалась с ней и Анна Ильинична, но поспешила оборвать знакомство, почувствовав фальшь в поведении Серебряковой. Это спасло Анну Ильиничну от ареста, когда 30 сентября 1899 года по всей Москве прошли повальные обыски и аресты среди членов Московского комитета РСДРП. Однако арестовали Марию Ильиничну: при обыске у членов организации сестер Караваевых нашли ее письмо.
В квартире Ульяновых тщательнейшим образом был произведен обыск, жандармы отобрали все, что казалось предосудительным. За Марией Ильиничной впервые захлопнулась дверь тюремной камеры. Улики были слабые, поэтому и донесение охранного отделения составлено на основе общего характера деятельности М.И.Ульяновой: «...Мария Ильинична Ульянова давно замечена Московским охранным отделением в сношении с лицами политически неблагонадежными и, кроме того, известна как участница вечеринки, устроенной 2 февраля минувшего года в пользу кассы «Рабочего Союза». Ввиду всего сказанного, предположение о прикосновенности Марии Ульяновой к делу хранения нелегальной типографии... является вполне основательным»16. Этих предположений оказалось недостаточно для тюремного содержания. В октябре Марию Ильиничну высылают в Нижний Новгород под особый надзор полиции.
Понимая, что полиция не имеет против нее веских материалов, она пишет прошение о возвращении в Москву. Документ этот аккуратно подшит в дело. Марии Ильиничне 21 год, она уже прошла хорошую школу конспирации. У нее прекрасные «консультанты» — Владимир, Анна, Марк Тимофеевич. В своем прошении она пишет: «...Ничего нелегального я у себя же имела. (Ничего не было найдено. — Авт.) Из бумаг, отобранных у меня, занесены в протокол: 2 лекции: Вандервельда по социализму в Бельгии; выписки из немецкой книги Эдуарда Бернштейна, приобретенной в магазине Ланге, из одного каталога для систематического чтения, из некоторых русских журналов, а также из французской газеты «Reforme», отрывок сделанного мною для упражнения перевода из книги Чернышевского «Lettres sans adresse» и наброски повести. Затем, купленное мною на улице в Брюсселе стихотворение «Le drapeau noir», приобретенная там же группа, где помещены фотографии троих из профессоров Брюссельского университета и «Stammbaum des modernen socialismus», таблица демократических учений, начиная с древнейших времен и до наших дней, купленная мною по возвращении из Брюсселя в Берлин»17.
Мария Ильинична упорно подчеркивает, что все отобранные у нее материалы куплены вполне законным путем, в основном, конечно, за границей, где свободно продаются. Она даже указывает магазин, где приобрела книгу Бернштейна. Поэтому поднадзорная Мария Ульянова просит не только разрешения вернуться в Москву к семье, но и вернуть ей отобранную при обыске литературу.