Параллельно с ремонтом усиленно велась боевая подготовка. Основным вопросом командирской подготовки было изучение опыта 1941 года, особенно методов форсирования минных заграждений, ставших главной опасностью подводных лодок в Финском заливе. Весной 1942 года были организованы совместные групповые упражнения командиров подводных лодок и командного состава ОВР по эскортированию подводных лодок. Тренировки в выполнении торпедных атак проводились на приборах торпедной стрельбы в Учебном отряде подводного плавания имени С.М. Кирова и в Военно-морской академии.
Подготовка старшинского и рядового состава была нацелена на отработку действий по использованию оружия, боевой техники и борьбе за живучесть.
Штаб бригады подводных лодок под руководством командира бригады капитана 1 ранга А.М. Стеценко и начальника штаба капитана 1 ранга Л.А. Курникова тщательно изучил и проанализировал разведывательные данные о минной обстановке в Финском заливе, возможности противодействия сил и средств противолодочной обороны противника развертыванию подводных лодок и боевой опыт кампании 1941 года. Были разработаны способы форсирования минных заграждений, определены благоприятные для подводных лодок районы зарядки аккумуляторных батарей. В целях непрерывного воздействия на морские коммуникации противника подводные лодки были развернуты тремя эшелонами. Развертывание первого эшелона относится к началу июня 1942 года. Подводные лодки выходили из Ленинграда одиночно и небольшими группами в течение месяца. Переход совершался в три этапа: первый — от Ленинграда до Кронштадта, второй — от Кронштадта до о. Лавенсари, третий — от о. Лавенсари до устья Финского залива. Все девять вышедших в поход подводных лодок успешно форсировали минные заграждения в Финском заливе и, прорвавшись в Балтийское море, приступили к действиям на вражеских коммуникациях. Фашистские суда совершали переходы без какого-либо охранения, а в ночное время даже несли ходовые огни. Это способствовало успеху действий подводных лодок КБФ.
Отличилась подводная лодка Щ-317 (командир капитан 3 ранга Н.К. Мохов, на борту командир дивизиона капитан 2 ранга В.А. Егоров). Боевой поход, начавшийся 11 июня, проходил в необычных условиях. К тому времени у командования возникло предположение, что районы действий наших сил обнаруживаются противником путем перехвата радиопередач, и командирам подводных лодок было дано указание по возможности соблюдать режим радиомолчания. Первое донесение Щ-317 передала после выхода из Финского залива (это было определено боевым приказом), после чего до конца похода не выходила в эфир. Лишь 10 июля она сообщила, что, потопив пять судов противника и израсходовав весь торпедный боезапас, возвращается в базу. Но Щ-317 из похода не вернулась. Вероятно, она погибла, подорвавшись на минах в Финском заливе. Торпедами Щ-317 были уничтожены транспорты «Argo», «Orion», «Rain», «Ada Gorton» и «Otto Korde». Успешно действовала также подводная лодка Щ -320 (командир капитан 3 ранга И.М. Вишневский). 16 июня она потопила большой вражеский транспорт, 5 июля отправила на дно транспортное судно «Anna-Katrin Fricen», а 16 июля торпедным залпом уничтожила плавбазу «Mozel». Боевая деятельность Щ-320 получила высокую оценку: подводная лодка была награждена орденом Красного Знамени.
Большую настойчивость при выполнении боевой задачи проявил экипаж подводной лодки С-7 (командир капитан 3 ранга С.П. Лисин). Выйдя 2 июля в Боевой поход, подводная лодка через пять суток была уже в Балтийском море. Вечером 9 июля она обнаружила одиночный транспорт. Командир приказал приготовить носовой торпедный аппарат и уверенно вышел на боевой курс. Однако выстрела не последовало: торпеда осталась в трубе аппарата. Транспорт стал удаляться. Подводная лодка всплыла в надводное положение и начала преследование. Через четверть часа, когда дистанция сократилась до 4 кабельтов, по транспорту была выпущена вторая торпеда. Взрыв произошел в районе мостика, и судно быстро затонуло. Был сделан вывод: для торпедной атаки следует готовить большее число аппаратов, чем непосредственно для стрельбы.
11 июля, находясь на перископной глубине, С-7 обнаружила транспорт противника, шедший в охранении боевых кораблей. Сблизившись на дистанцию 6 кабельтов, выстрелили по судну двумя торпедами. Сразу после залпа (очевидно, фашисты обнаружили подводную лодку или следы торпед) корабли охранения начали бомбометание. Были сброшены 23 глубинные бомбы, которые, не причинили подводной лодке вреда.
27 июля, перейдя по приказанию в район Виндавы, С-7 вновь обнаружила в перископ одиночно следовавший транспорт противника. Условия для торпедной атаки складывались неблагоприятно: слишком велик был начальный курсовой угол цели, судно шло под берегом, в районе малых глубин. Чтобы не упустить цель, предприняли артиллерийскую атаку. При первых же залпах 100-мм орудия вражеский транспорт повернул к берегу и выбросился на отмель.