Утром 30 июля в районе маяка Акменьрагс подводная лодка потопила немецкий транспорт «Kete». 5 августа С-7 атаковала другой вражеский транспорт днем и в надводном положении. На подводной лодке оставалась всего одна торпеда, и, чтобы обеспечить большую надежность попадания, во время атаки сблизились с целью до 2 кабельтова. Противник заметил выпущенную торпеду и сумел уклониться от нее. Был открыт огонь из 45-мм орудия. Получив множество пробоин, вражеское судно загорелось и вскоре затонуло.
С большим боевым эффектом действовала Щ-406 (командир капитан-лейтенант Е.Я. Осипов). 6 и 7 июля она обнаружила и потопила два транспорта, 8 июля — моторную шхуну, 22 и 25 июля — еще два транспорта. Израсходовав за время похода (более 50 суток) весь боезапас торпед, подводная лодка направилась в Нарвский залив для встречи с нашими катерами. По пути она была атакована кораблями противника, которые сбросили на нее около 100 глубинных бомб. Благодаря решительным и хладнокровным действиям командира Щ-406 оторвалась от преследования и благополучно вернулась в базу.
Успешно действовала подводная лодка Щ-304 (командир капитан-лейтенант Я.П. Афанасьев). 15 июня в районе маяка Порккалан-Каллбода эта подводная лодка обнаружила и потопила двумя торпедами транспортное судно с военной техникой, направлявшееся в Таллинн. За время боевого похода лодку четырнадцать раз атаковали противолодочные корабли, семь раз — самолеты, дважды — подводные лодки. Три раза она была обстреляна вражеской артиллерией.
Последней из подводных лодок первого эшелона ушла в море Щ-303 (командир капитан-лейтенант И.В. Травкин). 12 июля, еще не дойдя до позиции, подводная лодка обнаружила транспорт, шедший в сопровождении тральщика и катеров, и атаковала его. После успешного торпедного залпа подводная лодка, уклоняясь от преследования, ушла на глубину. 20 июля в районе маяка Утё Щ-303 повредила торпедой конвоируемый шестью кораблями транспорт «Aldebaran».
Подводные лодки первого эшелона, практически сами нащупавшие режим и характер действий противника на его коммуникациях, прекрасно справились с задачей. Они уничтожили 14 судов и повредили один транспорт противника, заставили немецко-фашистское командование подумать о привлечении боевых кораблей к охранению транспортных судов, об организации на Балтике конвойной службы.
9 августа, когда часть подводных лодок первого эшелона еще продолжала действовать на позициях, началось развертывание второго эшелона. Первой проникла в Балтийское море Л-3 (командир капитан 3 ранга П.Д. Грищенко). 18 августа, находясь в районе о. Борнхольм, подводная лодка обнаружила большой конвой противника. Прорвав линию охранения, Л-3 заняла позицию для торпедной атаки и, выбрав наиболее крупный транспорт, выпустила по нему две торпеды. Одна из торпед попала в цель. Транспорт, разломившись на две части, затонул. После залпа подводная лодка попала в неблагоприятную ситуацию. Не удержав глубину, она показалась на поверхности и была замечена противником. Корабли охранения атаковали подводную лодку. На нее было сброшено около 40 глубинных бомб, но Л-3, успевшая быстро изменить курс и погрузиться, серьезных повреждений не получила. Для устранения недостатков в управлении подводной лодкой по глубине в момент выстрела, командир решил отойти мористее и заняться тренировкой личного состава. Двое суток отрабатывалось выполнение учебных торпедных атак. Когда
экипаж стал уверенно удерживать подводную лодку на заданной глубине, командир снова вывел ее на позицию. Вечером 25 и ночью 26 августа западнее о. Борнхольм Л-3 поставила 20 мин тремя банками на которых подорвались и затонули подводная лодка U416, два транспорта и шхуна.
Другая подводная лодка второго эшелона С-13 (командир капитан-лейтенант П.Н. Маланченко, на борту командир дивизиона капитан 3 ранга Е.Г. Юнаков) действовала по методу крейсерства в Ботническом заливе, на подходах к которому противник еще не успел организовать противолодочного рубежа. Вечером 11 сентября, находясь в надводном положении, подводная лодка обнаружила и атаковала транспорт противника, следовавший в направлении порта Раума. Торпеда попала в середину судна. Переломившись, транспорт через полминуты скрылся под водой. На следующий день С-13 уничтожила транспорт «Ussi X». Посланная в него торпеда взорвалась в кормовой части от взрыва второй торпеды транспорт переломился пополам и затонул. 18 сентября в районе финского порта Каскё С-13 в надводном положении атаковала еще один транспорт, который потопила огнем артиллерийских орудий.