Вторая группа подводных лодок в составе Щ-406 и С-12 должна была выйти в поход в конце мая. В ночь на 29 мая от о. Лавенсари в Балтийское море начала движение подводная лодка Щ-406 (командир капитан 3 ранга Е.Я. Осипов). Не дойдя до своей позиции, она погибла. Выход С-12 не состоялся, так как в связи с гибелью двух экипажей было принято решение временно подводные лодки в Балтийское море не посылать.
Следующая попытка прорваться была предпринята в августе, после того как наши летчики сбросили в районе сетей большое количество бомб. В состав группы вошли М-96 и М-102. Однако М-102 была повреждена во время авиационного налета на о. Лавенсари, а М-96 в первый же день похода наскочила на мель и из-за полученных повреждений вынуждена была вернуться.
К следующему походу были назначены подводные лодки С-12 (командир капитан 3 ранга А.А. Бащенко) и С-9 (командир капитан 3 ранга А.И. Мыльников). Перед С-12 была поставлена боевая задача — после двухдневной разведки района попытаться форсировать противолодочный рубеж, в случае удачи сообщить об этом по радио и следовать в Балтийское море для действий на коммуникациях. С-9 должна была разведать район сетей и определить возможность их разрушения взрывами торпед. Выполняя боевые задания, обе подводные лодки погибли.
В кампанию 1943 года наши подводные лодки столкнулись с мощной противолодочной преградой, закрывшей им путь в Балтийское море. На выставленных ранее минах в 1943 году подорвались два вражеских транспорта, от полученных при взрыве мины повреждений затонула подводная лодка U416.
К началу 1944 года Бригада подводных лодок имела в своем составе 18 боеспособных подводных лодок. Кроме того, восемь подводных лодок находилось в консервации, восемь достраивалось, одна была в капитальном ремонте. Экипажи много времени уделяли Боевой подготовке, оснащению лодок, новой, более совершенной техникой. Активным действиям подводных лодок на коммуникациях мешали выставленные в Финском заливе минные и сетевые заграждения. В сентябре силами двух подводных лодок была предпринята попытка разведать проходы между минными полями в районах Нарвского залива (М-96) и гогландского плеса (М-102). Обе подводные лодки подорвались на минах: М-96 погибла, а М-102 получила повреждения.
Новые возможности для действий подводных сил появились после выхода из войны Финляндии. Условиями перемирия предусматривалось использование финского шхерного фарватера для выхода наших подводных лодок в Балтийское море. Финские порты Хельсинки и Турку были открыты для базирования сил нашего флота (в конце сентября — начале октября сюда были переведены 10 подводных лодок). С учетом изменения обстановки на Балтийском море в 1944 году подводным лодкам были нарезаны новые районы Боевых действий, которые охватывали коммуникации противника, проходившие главным образом между портами Виндава, Либава, Данциг, Любек, откуда началась эвакуация войск противника.
Эти участки моря были довольно большие, и подводные лодки действовали в них по методу крейсерства в ограниченных районах. В интересах подводных лодок велась воздушная разведка. Однако прямой связи между самолетами и подводными лодками не было, и это удлиняло сроки прохождения радиограмм, вследствие чего содержание их нередко устаревало. В основном подводные лодки вели поиск противника самостоятельно.
6 октября северо-западнее Мемеля подводная лодка Щ-407 атаковала и потопила вражеский транспорт «Neptun». В следующем Боевом походе был обнаружен крупный теплоход «Zeeburg», стоявший на якоре, и подводная лодка, подойдя ближе, успешно его атаковала. Выйдя из залива, Щ-407 продолжила поиск судов противника в своем районе. 5 декабря обнаружила транспорт противника и пыталась его атаковать, но выполнить маневрирование под одним электромотором не смогла, и атака не получилась.