Новый вызов Хубилай-хану исходил от его нелюбимого «дяди» Наяна, решившего стать новым ханом вместо Хубилая. Еще молодым человеком, рассказывает Марко Поло, Наян стал «правителем многих земель и областей, так что легко мог собрать войско в 400 000 всадников». Имея в своем распоряжении такое войско, он возмечтал о славе. «Он решил, что больше не будет подданным».
Наян, как и многие из его сторонников и воинов, был христианином несторианского толка, однако симпатии Марко явно на стороне Хубилая. Впрочем, конфликт между двумя военачальниками ни в коем случае не был походом за веру. Наян рвался к власти и для достижения цели заключил союз с другим непокорным членом монгольской августейшей семьи, племянником Хубилая, Кайду, которого Марко описывает как «смертельного врага» хана и вечный источник нестабильности в Азии. «Заверяю вас, — пишет он, — что Кайду никогда не был в мире с великим ханом, но постоянно вел войну против него». Марко приходит в отчаяние от опустошений, которые из года в год причинял этот мятежник. «Кайду уже сражался во многих битвах с людьми великого хана», — говорит он. Кайду неизменно проигрывал сражения и тем не менее предъявлял права на долю в военной добыче Хубилай-хана. Если верить Марко, Хубилай готов был согласиться, в обмен на обещание Кайду являться в Камбулак по первому вызову. Однако «Кайду боялся за свою жизнь», и Хубилай-хан содержал «в поле» 100 000 всадников, чтобы сдерживать своего противника.
В 1287 году Наян и Кайду сговорились одновременно атаковать Хубилая с противоположных сторон и принудить его к подчинению. «Когда великого хана уведомили об этом заговоре, — повествует Марко, — он не без оснований встревожился; однако, будучи мудрым человеком испытанной храбрости, он стал собирать свое войско, объявив, что не станет носить венец и править землями, если не приведет этих двух предателей и изменников к злому концу».
Всего за двадцать два дня Хубилай собрал армию из 260 000 кавалерии и 100 000 пехоты, но противник все еще превосходил его силой. «Причина, по которой он ограничился этим числом воинов, была в том, что они были собраны из ближайших войск», — сообщает Марко. Во власти Хубилая было еще около двенадцати армий, однако они находились «так далеко, ведя войну для завоевания многих земель, что он не мог собрать их в нужный срок и в нужном месте». Если бы он призвал всех стражей из отдаленных частей своей империи, «их численность превзошла бы всякие расчеты и пределы вероятности». Но подобная мобилизация была бы слишком медленной и явной. Хубилай предпочел скорость — «спутницу победы», и тайну, «чтобы предварить приготовления Наяна и застать его в одиночку».
Китайские хроники подтверждают сообщение Марко об этом деле, и из них можно понять, что Хубилай готов был пожертвовать Баяном, послав его в опаснейшую разведку. Когда Баян оказался рядом, «Наян задумал похитить его, однако Баян, уведомленный о его плане, сумел бежать и вернулся к императору».
В то же время другие монгольские бароны на северо-западе Китая, узнав о мятеже Наяна, поддержали его, и, как говорят хроники, «император оказался в весьма трудном положении». Послушавшись венных советников, Хубилай отправил посольство, чтобы попытаться убедить восставших вассалов, известных теперь как «конфедераты». Послы сумели убедить их, что дело их обречено, однако Наян отказался сдаться. Он заключил союз с другими вождями, поддержавшими его войском. Силы Хубилай-хана окружили их лагерь. Затем «маленькая тайная экспедиция» всего из дюжины «бесстрашных и решительных людей» под командой китайского офицера проникла в лагерь.
Хубилай выиграл сражение, но ему не удалось покончить с Наяном, который как будто только набирался сил и честолюбия от каждой попытки монголов сдержать их.
Как ни старается Марко убедить читателя и самого себя, что Хубилай-хан был мудрым и любимым правителем, повелевавшим империей добродетельно и по воле Неба, иногда венецианец проговаривается об обратном: порой хан был лукавым деспотом и управлял Китаем и соперничавшими монгольскими кланами коварством и военной силой. «Во всех его владениях, — признается Марко из безопасного далека генуэзской тюрьмы, — много недовольных и неверных подданных, которые при первой возможности восстанут против владыки». Для предотвращения местных восстаний Хубилай-хан каждые два года перемещал оккупационные войска и командующих ими.
Содержание постоянных армий на просторах Китая дорого обходилось Хубилай-хану. Марко сообщает, что войска, кроме постоянного жалования, «жили от безмерных стад скота, закрепленных за ними, и от молока, которое посылали на продажу в город, чтобы получить необходимую провизию». Со временем иссякли и монгольская казна, и природные ресурсы Китая.