В XIII—XIV вв. Сакья представляла наиболее весомую политическую силу Тибета и имела большое влияние как в ставках монгольских ханов, так и при дворе китайских императоров. Сакья-пандита (1182— 1251) и Пагпа-лама (1235—1280) были и видными учеными школы, ее иерархами, и политическими деятелями, сумевшими создать наиболее благоприятные условия для функционирования и развития тибетского буддизма в огромных новых государственных образованиях Центральной и Восточной Азии. Из Сакья вышло ответвление Джонанг, к которому принадлежал крупный ученый историк Таранатха (1575—1634), но эта подшкола была запрещена иерархами Гелуг, и в XVII в. ее деятельность сошла на нет. Ныне Сакья имеет несколько ветвей, монастырей и мирских медитационных центров в Тибете, Индии, Непале, а также в странах Запада.
Одним из крупнейших деятелей школы был Сакья-пандита (тиб. sa skya pandita кип dga’ rgyal mtshan)
— воплощение Манджушри, политик, ученый, автор ряда философских трудов, среди которых выделяется «Сокровищница знания посредством достоверного источника познания» (tshad та rigs pa’i gter), систематически излагающая эпистемологию Дигнаги и Дхармакирти. В его собрание сочинений входят и произведения религиозной поэзии, нравственноэтические наставления и трактаты, упорядочивающие обрядовую сторону тибетского буддизма. Он различал три уровня посвящения: 1) монашеский — в соответствии с обетами Пратимокши (дисциплинарных правил); 2) «бодхисаттвический» — в соответствии с обетами сострадания; 3) тантрический — в соответствии с практикой определенной тантры. Это различение было принято за основу всеми школами тибетского буддизма.Кадам (тиб. bka’ gdams,
изустная передача учений Просветленного) — школа тибетского буддизма, основанная Атишей и его учеником Дронтоном (‘brom-ston, 1008—1064). В ней делался упор на практическое применение идеала Бодхисаттвы в повседневной жизни, поэтому особое внимание уделялось строгому соблюдению монашеской дисциплины (ви― ная). Хотя в современном тибетском буддизме такой школы уже нет, но ее древние учения высоко почитаются и признаются всеми монахами Тибета, и в первую очередь школой Гелуг, которая известна как «новая Кадам».Гелуг (тиб. dge lugs,
«добродетельное поведение») — тибетская буддийская школа, основанная Цонкапой (1357—1419, мон. Цзонхава) в начале XVв. Она формировалась в лоне другой школы (Кадам), но быстро затмила свою родоначальницу. Философско-теоретическим фундаментом школы стало учение индийской мадхьямики по линии преемствености от Нагарджуны до Чандракирти (называемой прасанга, или методом сведения доводов оппонентов к абсурду) . В отличие от других тибетских школ Цонкапа ввел для монахов строгий хинаянский устав, утвердил нехарактерные для тибетцев обеты безбрачия (чему далеко не всегда следовали другие школы) и неупотребления алкоголя. Он требовал также отказа от мясной пищи, но это правило не прижилось. Кроме того, в Гелуг установлена требовательная система образования, повышения ученой квалификации монахов при состязательной сдаче экзаменов, а также почитание книжных знаний, начитанности. Эзотерическая линия внутри Гелуг известна как Гадэн Кагью. Цонкапа также учредил культ Будды будущего — Майтреи, которому посвящены новые монастыри и храмы.Главный монастырь школы, основанный в 1409 г., — Гадэн (dga’ldan
), настоятель которого является одновременно главой всей тибето-монгольской Гелуг. Он, как и Будда, носит титул «Победитель» (гьялва, санскр. джина), а также считается живым воплощением Бодхисаттвы сострадания Авалокитешвары (тиб. Ченрези). В середине XVI в. лидерам школы удалось заручиться поддержкой монгольских ханов, установить главенство Гелуг в Тибете, а затем распространить ее на все монгольские и другие центральноазиатские народы. Главу школы назвали Далай-ламой (Океан-Учитель [Держатель ваджры]), 14-й воплощенец которого ныне в изгнании и руководит Гелуг из Индии, куда в 1959 г. бежали от китайцев монахи, правительство и парламент Тибета.
Следует заметить, что помимо названных основных школ тибетского буддизма существовали и существуют и другие его ветви, нередко тоже растущие от индийских корней. Ярким примером такого рода является Шиджед (тиб. zhi byed,
осуществлять умиротворение) — школа йогической практики по преображению привязанностей к «я» и «мое» в состояние умиротворения, основанная в Тибете индийским йогином, махасидцхой Падампа Сангье (pha dam pa sangs rgyas, умер в 1117 г.). В XII—XV вв. школа Шиджед входила в список «восьми главных Колесниц» тибетского буддизма, или линий духовной преемственности— Ньингма, Кадам, Кагью, Шангпа Кагью, Сакья, Шиджед (или Чод), Калачакра и Оргьен ньендруп (о rgyan bsnyen sgrub, практика садханы из страны Уддияна).