Торпедные катера, которые обычно несли разведывательную службу, днем были беззащитны от налетов авиации. Так, 11 сентября в 4.30, когда произошла высадка советских войск под Новороссийском, катера, возвращавшиеся с патрульной службы в районе бухты Озерейка в базы Анапа и Иван Баба, были атакованы советскими штурмовиками. С катеров вызвали истребительное прикрытие. Советские самолеты снижались до высоты десяти метров и обстреливали торпедные катера. Огонь зенитного вооружения не помогал, так как 20-мм снаряды зенитных пушек отскакивали от бронированных штурмовиков. На S-46 из строя вышли машины, в торпедных аппаратах сдетонировали две торпеды, передняя часть катера была полностью разрушена. Несмотря на продолжавшиеся атаки, патрульному катеру удалось спасти с тонувшего S-46 экипаж, члены которого были почти все ранены, а также снять погибших. В 5.50 появилось истребительное прикрытие, прогнавшее советские штурмовики.
27 сентября торпедные катера 1 -й флотилии торпедных катеров капитана 3-го ранга Бюхтинга атаковали Анапу, чтобы помешать советским транспортным коммуникациям. В 23.00 катера находились у входа в порт. Определив цели у мола, они подошли ближе и с дальности 800 метров выпустили торпеды. Восьмью торпедами было потоплено четыре судна водоизмещением около 2200 брт. Во время повторной операции на следующую ночь вылетел ночной разведчик, который восемью световыми бомбами осветил порт, но он был пуст.
Охранение севернее Керченского пролива и Темрюкской бухты обеспечивали 3-я флотилия тральщиков капитан-лейтенанта Классмана и артиллерийские баржи. Артиллерийские баржи делали из девяти понтонов и устанавливали на них две 88-мм зенитные пушки, 20-мм счетверенную зенитную установку и станковый пулемет. Небольшая осадка и низкий силуэт делали артиллерийскую баржу идеальным прибрежным кораблем.
17, 20 и 24 сентября немецкие силы флота провели большое количество боев с кораблями советской Азовской флотилии контр-адмирала Горшкова. Чтобы затруднить высадку новых советских десантов в районе Голубицкой, крымская группа 3-й флотилии тральщиков обер-лейтенанта Шнайдера получила приказ в ночь на 27 сентября поставить минные заграждения перед азовским портом Приморско-Ахтарская. Шнайдер описывает эти действия так:
«Мой план состоял в том, чтобы выйти в море так, чтобы пройти Керченский пролив, требующий навигационного внимания, еще в сумерки и быть на достаточном удалении от мыса Хрони. Оттуда было необходимо для введения в заблуждение, в зависимости от видимости, пройти дальше на север в направлении украинского берега, а затем, напротив Приморско, резко взять курс на запад.
Выход прошел, как было запланировано. Прогноз погоды был хорошим. Для прохода через Керченский пролив мы накрыли мины брезентом. Только после выхода в море я поставил задачу экипажам, а когда мы уже легли на курс цели в Азовском море, у меня уже было чувство, что все пройдет хорошо, несмотря на данные разведки о том, что в порту Приморско находятся 18 канонерок.
Мы шли широкой линией: R-35, R-203, R-197 и R-164, постепенно сбавляли ход в интересах навигации и, после определения места, еще в виду берега, пошли малым ходом. Чтобы заглушить шум машин, был отдан приказ направить выхлоп в воду. Мы подошли, к мысу косы Ачуевской. Эхолот работал постоянно, и в целях безопасности время от времени мы делали промер глубины ручным лотом. На глубине 7 метров, учитывая установку минных взрывателей, я принял решение лечь на боевой курс. Я приказал повернуть на левый борт и следовать северным курсом, мы стояли в строю фронта, при этом оба свободных от мин корабля обеспечивали охранение со стороны противника. R-197 начал постановку мин, при этом он шел небольшим зигзагом. R-164 увеличил дистанцию. О каждой сброшенной мине с названием ее порядкового числа докладывалось командиру флотилии. Когда шестая мина застряла на направляющей, я приказал R-164 закончить постановку мин. К тому же со стороны берега у входа в бухту была замечена работа семафора, на которую мы не ответили. Нам нужно было торопиться! Когда R-164 и R-197 сбросили свои мины, мы медленно легли на западный курс, при этом R-35 и R-203 обеспечивали прикрытие. На рассвете мы вернулись на базу».
Во многих местах для обороны Керченского пролива были выставлены немецкие минные заграждения. Советские корабли также пытались по ночам выставлять мины на немецких транспортных коммуникациях. Большое количество морских мин было сброшено советскими самолетами.
У кавказского побережья для нарушения коммуникаций противника действовали немецкие подводные лодки. Эти лодки, которые не были пригодны для ведения боевых действий в Атлантике, имели небольшой радиус действия и слишком малую скорость движения под водой. Тем не менее для малых подводных лодок пришло время великих действий.