Как в Италии, так и в Египетской экспедиции 1798–1799 гг. Бертье являлся правой рукой Бонапарта. Поход был тяжелым, и еще тяжелее оказался климат Египта. Даже крепкое здоровье Бертье стало давать сбои. После «битвы у пирамид», где Бертье принял активное участие, оно ухудшилось настолько, что перед походом в Сирию он обратился к главнокомандующему с просьбой отправить его во Францию. Поговаривали, что истинной причиной стремления Бертье в Европу была любовная связь с мадам Висконти и желание ее увидеть, даже бросив армию в трудную минуту. Однако Бонапарт не верил злым языкам и, считая ухудшение здоровья своего начальника штаба результатом сильного переутомления, дал согласие на отъезд. Прощаясь, Бонапарт холодно заявил, что жалобы Бертье настолько претят ему, что он просто счастлив отказаться от его услуг. Кроме того, Наполеон заметил, что, хотя некоторые частные лица могут приходить в отчаяние, он, главнокомандующий, совершенно убежден в успешном исходе кампании и намерен пройти через Синайскую пустыню, затем по берегу Палестины, через Малую Азию и вплоть до самой Франции по сухопутью. Более того, он может даже основать новую Восточную империю и никогда больше не возвращаться в Европу.
Бертье ломал руки. Было ясно, что ему предстоит принять «решение жизни». Если он уедет, то Наполеон вскоре найдет и обучит нового начальника штаба, а если новый фаворит сумеет прорвать блокаду и пробиться во Францию, то он, Бертье, утратит какие-либо шансы заслужить репутацию одного из величайших начальников штаба своего века. Верх взяла служебная привязанность Бертье к корсиканцу, и он бросил паспорт наземь. Наполеон тотчас же обнял его, и они вместе принялись разрабатывать план марша на Яффу.
Бертье был одним из тех, кого Бонапарт взял с собой, ретируясь из Египта. Наш либерал поддержал Бонапарта во время государственного переворота 18 брюмера. Когда Наполеон захватил власть и стал первым консулом Французской республики, Бертье был назначен на пост военного министра, где проявил таланты организатора: все административные службы тотчас были реорганизованы, крепости на границе пополнены новыми гарнизонами, армия снабжена провиантом, денежным довольствием и резервами.
Бонапарт всячески ублажал своего главного генштабиста: зная его «болезненное отношение» к купюрам, преподносил ему крупные денежные подарки, которые, правда, тут же переходили в нежные ручки мадам Висконти. Однажды первый консул подарил Бертье великолепный алмаз стоимостью несколько десятков тысяч франков. «Возьмите его; мы часто играем по крупному: приберегите его до того времени, пока он не понадобится», – произнес Бонапарт. Через несколько часов этот алмаз уже искрился на очаровательной головке возлюбленной Бертье.