В кампании 1800 г. Наполеон вновь назначил Бертье начальником штаба армии. Мало кто знает, что идея перехода через Сен-Бернар на самом деле исходила от Бертье и впервые была им предложена еще в 1795 г. Поэтому в течение двух месяцев он был поглощен исполнением собственного плана. Как потом выяснилось, не все в нем было столь идеально, как казалось на бумаге, и под Маренго Бонапарт попал в весьма сложную ситуацию во многом по вине своего главного «расчетчика» маршрутов Бертье.
После Маренго Бертье оказывается с дипломатической миссией в Мадриде, где весьма умело действует на благо наполеоновской Франции. Но уже в октябре 1800 г. он снова в Париже, поскольку больше нужен Наполеону как военный министр.
В числе первых 18 генералов, получивших маршальский жезл, оказался и Александр Бертье. Помимо этого он был удостоен звания сенатора, главного офицера двора и главного егеря (ловчего) империи.
В 1804 г., готовясь к десанту на Британские острова, Наполеон совместно с Бертье работал над созданием огромнейшего Булонского лагеря. В этом трудном деле маршал проявляет потрясающую энергию, работоспособность, весь свой богатый опыт и талант. Много времени занимала реорганизация армии, вооружения и снаряжения. Он постоянно то один, то вместе с императором выезжал на смотры армейских корпусов, дислоцировавшихся в лагере. Маршал не упускал из виду гарнизоны, расположенные во Франции, Италии, Бельгии, Голландии. Казалось, что он никогда не уставал и никогда не спал.
Но затем десант на побережье Англии пришлось отложить – на повестку дня встал другой вопрос: разгром очередной коалиции противников Бонапарта. Наполеон отдал приказ всем армейским корпусам Великой армии начать движение к Рейну, где в районе Ульма расположилась австрийская армия генерала Мака.
Героем этого утомительного похода стал Бертье. Того, чего он достиг тогда в качестве начальника генерального штаба, не совершал еще никто. Поход прошел идеально, и о Бертье разнеслась слава как о гении-организаторе. Все воинские части уже через 45 дней оказались на Рейне и огромной дугой охватывали австрийские войска, засевшие в Ульме, отрезав город от баз и подкреплений, медленно двигавшихся на запад из-под Вены и из России. Это была безупречная, произведенная прямо-таки по лучшим учебникам военного искусства концентрация войск.
Генерал Мак понял, что его песенка спета, лишь тогда, когда французская кавалерия развернулась в гигантскую дугу, через которую никак не могли пробраться его разведчики (даже конные), а французская пехота отрезала австрийцев от всех источников снабжения и подкреплений. Запертый в Ульме генерал Мак позорно капитулировал 20 октября.
При подготовке к следующей войне – против Пруссии – Бертье снова на коне: он выказал столько же энергии, как и в предыдущие годы. План Наполеона предусматривал не просто разгром, а уничтожение Пруссии как государства, и император рассчитывал осуществить его за месяц. Фактически же план был претворен в жизнь за 24 дня. Великая армия выступила в поход 8 октября, а к первой неделе ноября Пруссии как королевства уже не существовало. По крылатому выражению Гейне, «Наполеон дунул на Пруссию, и ее не стало».
Это был триумф, достигнутый в результате не только боев, но и быстрых маршей, умелого маневрирования и почти идеальной работы генерального штаба. И снова главным источником победы стал холодный разум главнокомандующего, а Бертье, реализующий его решения как администратор, показал, что войны выигрываются не только саблями и ружьями. Способ их ведения должен быть просчитан, как просчитывается сложная математическая задача.