Заслуги Лаврентия Павловича в развитии пенитенциарной системы были отмечены присвоением ему в январе 1941 г. звания генерального комиссара государственной безопасности. Но настоящие лавры «Лубянского маршала» были еще впереди…
Первое военное утро Берия встретил в сталинском кабинете, куда был вызван наряду с узким кругом высших руководителей. Советский, лидер выглядел растерянным: Гитлер таки перехитрил его. А ведь до самого последнего момента казалось все наоборот. Веру вождя в собственную проницательность активно питали многие его приближенные, в том числе Берия. Чего стоил хотя бы доклад наркома, датированный 21 июня 1941 г.: «Я вновь настаиваю на отзыве и наказании нашего посла в Берлине Деканозова, который по-прежнему бомбардирует меня «дезой» о якобы готовящемся Гитлером нападении на СССР. Он сообщил, что это «нападение» начнется завтра…
…Но я и мои люди, Иосиф Виссарионович, твердо помним Ваше мудрое предначертание: в 1941 г. Гитлер на нас не нападет!..»
Об этом ни незадачливый прогнозист, ни его адресат постарались никогда не вспоминать. С образованием Государственного Комитета Обороны Берия стал заместителем председателя, каковым был, естественно, Сталин. В годы войны эти два человека сблизились необычайно. Лаврентию Павловичу поручались самые секретные и деликатные миссии.
Так, именно он осенью 1941 г. проводил зондаж настроений германского командования: не согласится ли Гитлер на своего рода второй Брест? На судебном процессе 1953 г. обвинение вменило эти действия в вину бывшему наркому внутренних дел, который якобы действовал из изменнических побуждений за спиной вождя. Однако, по свидетельству маршала Г. К. Жукова, такую задачу — прозондировать настроения немцев через болгарского посла перед Берией поставил не кто иной, как Сталин. Генсек пытался получить хотя бы недолгое перемирие за счет крупных территориальных уступок.
Через 12 лет, в ходе следствия Берии было предъявлено обвинение в попытке сближения с врагом. Подследственный подтвердил, что по заданию Сталина он действительно пытался через третьи страны прощупать почву, на каких условиях Гитлер готов был прекратить войну. В связи с этим в приговоре появилась запись, что в 1941 г. Берия пытался установить связь с главой фашистской Германии, предлагал уступить ряд территорий СССР.
Война войной, но борьба с «врагами народа» продолжала оставаться «святым» делом для наркома внутренних дел. В октябре 1941 г. он отдал письменное распоряжение о расстреле без суда 25 высокопоставленных военных деятелей, арестованных по списку, который составили Меркулов и Кобулов. В этот список были включены член ЦК ВКП(б) начальник Управления противовоздушной обороны Наркомата обороны СССР, Герой Советского Союза генерал-полковник Г. М. Штерн, кандидат в члены ЦК командующий войсками Прибалтийского военного округа генерал-полковник А. Д. Локтионов, заместитель наркома обороны и начальник Разведывательного управления Герой Советского Союза генерал-лейтенант И. И. Проскуров, начальник Военно-Воздушных Сил Красной Армии дважды Герой Советского Союза генерал-лейтенант Я. В. Смушкевич, начальник Главного управления ВВС РККА Герой Советского Союза генерал-лейтенант авиации П. В. Рычагов и другие.
Все они по сфабрикованным материалам были ложно обвинены в принадлежности к военному заговору и проведении антисоветской террористической деятельности. Во время нахождения под стражей арестованные подвергались нечеловеческим пыткам и истязаниям, однако ложных показаний на себя не давали. А если иногда дух и ослабевал, находили возможность заявить о применявшихся к ним пыткам.
Так, генерал-полковник Штерн, не выдержав избиений, на допросе 27 июня 1941 г. показал, что являлся участником военно-заговорщической организации и агентом немецкой разведки, однако в конце протокола допроса, куда были занесены эти показания, собственноручно написал: «Все вышеизложенное я действительно показывал на допросе, но все это не соответствует действительности и мною надумано, т. к. никогда в действительности врагом, шпионом и заговорщиком я не был».
Генерал-полковник Локтионов в заявлении прокурору 16 июня 1941 г. писал: «Я подвергаюсь огромным физическим и моральным испытаниям. От нарисованной перспективы следствия у меня стынет кровь в жилах. Умереть, зная, что ты не был врагом, меня приводит в отчаяние… Я пишу последние слова — крик моей души: дайте умереть честной смертью в труде за интересы моей Родины — Советского Союза. Умоляю свое правительство — спасите жизнь. Я не виновен в измене Родине. Бывший ген. полковник Локтионов».
Шла война, шла для нашей страны трагически. А опытнейших военных, которые так пригодились бы на фронте, гноили в тюрьме. Вывезенные в г. Куйбышев, 28 октября 1941 г. они по преступному предписанию Берии были без суда расстреляны. Впоследствии подручными Берии Б. З. Кобуловым и Л. Е. Влодзимирским и бывшим Прокурором СССР В. М. Бочковым были составлены заключения, в которых несчастных ложно обвинили в различных преступлениях.