Вместе с военными был расстрелян и член партии с 1902 г. М. С. Кедров, бывший при Дзержинском членом президиума ВЧК и коллегии ОГПУ. Он располагал данными о прошлом Берии, и с его стороны Лаврентий опасался разоблачений. Это заставило наркома внутренних дел пойти на чудовищное преступление: с Кедровым расправились, несмотря даже на то, что он, в отличие от товарищей по несчастью, предстал перед судом, да еще каким — Верховным и был им оправдан. Берия проигнорировал даже прямое указание суда о немедленном освобождении старого чекиста из-под стражи.
В особо острые моменты войны Сталин поручал наркому и задания, связанные непосредственно с фронтовыми делами. В 1942–1943 гг. Берия несколько раз выезжал на Северный Кавказ. Задачи ему ставились разные: от организации обороны кавказских перевалов и недопущения немцев в Закавказье до выселения проживавших там малых народов.
Вот какой обмен репликами состоялся в 1953 г. в ходе суда между маршалом И. С. Коневым, генералом К. С. Москаленко и подсудимым:
«
В конце концов в приговоре было записано, что в 1943 г. подсудимый пытался открыть врагу Главный Кавказский хребет, чтобы оккупировать Закавказье иностранцами. А вопрос выселения народов суд «дипломатично» обошел.
Горстки бойцов стояли насмерть на перевалах, сдерживая превосходящего по силам противника, а против мирного населения была брошена целая армия — 19 тысяч оперативных работников НКВД, НКГБ и «Смерш» и 100 тысяч военнослужащих внутренних войск. «За образцовое выполнение специального задания правительства» (читай: выселение в восточные районы СССР 650 тысяч чеченцев, ингушей, калмыков и карачаевцев) Берия был удостоен полководческого (!) ордена Суворова I степени. А в июле 1945 г. сей «полководец» украсил свои тучные плечи погонами Маршала Советского Союза.
Наряду с полицейскими, а то и палаческими функциями, Берии поручались и дела, которые сыграли важнейшую роль в обеспечении победы Советского Союза в войне с фашистской Германией и в более позднем противостоянии с блоком западных стран. В первую очередь это относится к его организующей миссии в создании ядерного оружия.
Во время второй мировой войны советская разведка, в основном сосредоточенная в рамках руководимого Берией ведомства, располагала за рубежом огромной сетью и действовала весьма эффективно. Только в Вашингтоне и Нью-Йорке сбором различной информации научно-технического характера занимались не менее 5 тысяч человек. «Работники 1-го (Разведывательного) Управления НКВД-НКГБ проделали значительную работу по организации разведывательной сети за границей, — обозревая период с июня 1941 г. по ноябрь 1944 г., докладывал Берия Сталину. — За это время выведено за кордон на нелегальную работу 566 человек, завербовано 1240 агентов-осведомителей, добыто агентурным путем 41 718 различных разведывательных материалов, в том числе большое количество документальных. Из полученных по линии технической разведки 1 167 документов реализовано отечественной промышленностью 616».
Первые сведения о работах в ядерной области советская разведка добыла еще в начале 1942 г. Берия неоднократно докладывал Сталину о ходе осуществления проекта «Манхэттен» (по созданию американской ядерной бомбы), об осуществлении Энрико Ферми управляемой ядерной реакции, других работах американских ядерщиков. Резидентуры НКГБ и ГРУ Генерального штаба Красной Армии в США, Канаде, Мексике направляли в Москву огромный объем информации.
Для координации усилий различных ведомств по добыче ядерных секретов союзников в НКГБ по инициативе Берии в феврале 1944 г. была создана так называемая группа «С» (позднее — отдел) во главе с генерал-майором П. А. Судоплатовым. Уже к концу 1946 г. для советских разведорганов перестали быть секретен важнейшие конструктивные особенности американского ядерного устройства, детали первого взрыва на полигоне в Аламогордо, система охраны, биографические данные многих ученых, занятых в проекте. О чем говорить, если святая святых — схема и описание устройства первой американской ядерной бомбы оказались в Москве всего через 12 дней после завершения ее сборки.