Поселили нас в нашем профилактории, расположенном в лесу рядом с предприятием, и мы начали подготовку по утвержденной программе. Она предусматривала общефизическую и специальную подготовку, медицинские обследования, лекции по кораблю «Союз», парашютные прыжки в аэроклубе Серпухова (
В августе 1966 года вся группа совместно с космонавтами ЦПК участвовала в морских испытаниях на макете спускаемого аппарата на базе ВВС в Феодосии. Поскольку на конец года планировался запуск двух пилотируемых кораблей «Союз» с участием двух военных и двух гражданских космонавтов, то 31 августа группа ЦКБЭМ была представлена генералу Н. П. Каманину. А. И. Лобанов по поручению руководства ЦКБЭМ назвал кандидатов в первый экипаж (в основной и дублирующий составы). Это были А. Елисеев, В. Кубасов, В. Бугров и Г. Гречко. От Каманина вся группа была направлена для прохождения трехдневного обследования в ЦВНИАГ. После обследования предполагалось названных кандидатов в экипажи отправить на предполетную подготовку в ЦПК. Однако при обследовании Анохина, Бугрова, Долгополова и Макарова для проведения дополнительных анализов задержали на 40 дней. Гречко, Елисеев и Кубасов успешно прошли обследование и были направлены в ЦПК. Вместо меня в ЦПК был направлен Волков, также преодолевший медкомиссию.
Эта задержка определялась не состоянием нашего здоровья, а была следствием крайне негативного отношения генерала Н. П. Каманина к участию в полетах гражданских лиц. В дальнейшем завышенные медицинские требования были снижены, и все 8 человек первого набора, по мнению самих врачей, могли быть допущены к полетам. Но тогда эта заминка существенно повлияла на ход событий. После того как Г. Гречко сломал ногу на первых парашютных прыжках и был отстранен от дальнейшей подготовки, гражданский экипаж остался без дублера. Это позволило военным тут же заменить двух гражданских членов экипажей на одного и ввести третьего военного.
Первый испытательный полет кораблей «Союз» должен был состояться по следующей схеме. На орбиту выводился «Союз-1» с космонавтом В. Комаровым. Через сутки стартовал «Союз-2» с В. Быковским, Е. Хруновым и А. Елисеевым. После стыковки кораблей Хрунов и Елисеев должны были перейти в «Союз-1» с выходом в космос. Однако эта схема и первый полет космонавта нашего отряда были реализованы лишь через два с лишним года с третьего раза. А в первой попытке 23 апреля 1967 года из-за неполадок на «Союзе-1», возникших на орбите, старт «Союза-2» был отменен. Благодаря этому Елисеев, Хрунов, а возможно и Быковский, избежали трагической участи Владимира Комарова, погибшего при посадке «Союза-1». Во второй попытке космонавт Г. Береговой опроверг мнение о превосходстве летчика-истребителя в управлении космическим кораблем. Из-за ошибок, допущенных им при пилотировании вручную корабля «Союз-3», стыковка с беспилотным «Союзом-2» не состоялась. И лишь 15 января 1969 года после двух успешных автоматических стыковок беспилотных «Союзов», намеченная программа была выполнена экипажами в составе В. Шаталова, Б. Волынова, Е. Хрунова и А. Елисеева. Успешное участие в этом полете Елисеева положило начало равноправному участию гражданских космонавтов в испытаниях космических кораблей.
В 1967 году в состав отряда ЦКБЭМ вошли В. Севастьянов и Н. Рукавишников (направлены в ЦПК в 1967 году), В. Пацаев (направлен в ЦПК в 1969 году), В. Яздовский (направлен в ЦПК в 1970 году) и В. Никитский. Из 13 человек, зачисленных в отряд в 1966–1967 годах, 9 человек проходили подготовку в ЦПК к полетам на кораблях «Союз» и по программе облета Луны на корабле Л1. Необходимость доработок корабля «Союз» после гибели Комарова и неудовлетворительные результаты летных испытаний беспилотного корабля Л1 существенно задержали полеты. В итоге, из этих девяти человек в космосе побывали: в 1969 году — Елисеев, Волков и Кубасов; в 1970 году — Севастьянов; в 1971 году — Рукавишников и Пацаев; в 1973 году — Макаров; в 1975 году — Гречко. Яздовский перед самым стартом из-за психологической несовместимости в экипаже был отстранен от дальнейшей подготовки.