В начале XIX века Академия художеств взяла покровительство над многими провинциальными школами изобразительного искусства России. В то же время уроки рисования были введены во всех школах и училищах. С 1812 года Шебуев занялся преподавательской деятельностью. Он давал уроки рисования в нескольких воспитательных заведениях (в том числе и в Смольном институте), принадлежавших ведомству императрицы Марии Федоровны.
В те годы Шебуев не раз получал награды за педагогическую работу. Тогда же он оказался приглашенным к императорскому двору в качестве учителя рисования для детей Павла I. В 1812 году Шебуев был удостоен звания профессора Академии художеств. Вот как об этом написал один из современников знаменитого художника: «[Шебуев]… —столь известный по трудам своим не только академии, но и всей публике, за искусство живописи был баллотирован большинством голосов в профессоры».
Необходимо заметить, что авторитет Шебуева как превосходного мастера живописи среди современников и педагогов академии был достаточно велик. Об этом свидетельствует тот факт, что звание профессора художник получил, не выполняя предварительно специальную программу.
В 1819 году президент Академии художеств Оленин обратился к академикам с просьбой украсить недавно выстроенную лестницу здания учебного заведения произведениями живописи и скульптуры. Василий Кузьмич Шебуев оказался в числе первых, кто вызвался оформить лестницу.
Позднее, уже после окончания работ, «Сын отечества» за 1820 год написал: «Стены [лестницы] украшены пилястрами и образуют род открытого павильона: меж пилястр на три стороны изображено спокойное небо и божества — покровители наук Аполлон, Минерва и Слава — летят в святилище художеств. Фигуры написаны по методе г. Безсонова родом масляной альфрески… две, Аполлон и Слава, им самим, первая по эскизу г. Шебуева, последняя г. Егорова».
В. К. Шебуев. «Тайная вечеря», 1839 год
Каждое из представленных на лестнице произведений живописи было обрамлено тонкой золоченой рамой, написанной на стене красками. Антаблемент поддерживался пилястрами и завершался достаточно широкими карнизами, на которых были установлены аллегорические изображения-скульптуры: «Живопись» (выполнена Пименовым С. С.), «Скульптура» (выполнена Мартосом И. П.), «Архитектура» (выполнена Демут-Малиновским В. И.), «Воспитание» (выполнена Прокофьевым И. П.). Рисунок решетки лестницы был сделан в традициях классицистического искусства. Ее отливали из чугуна по специальному заказу на заводе Карла Берда.
До настоящего времени сохранилась роспись лестницы Академии художеств с изображением Аполлона, которая была выполнена Безсоновым С. П. по эскизу Шебуева. Фигура молодого бога расположена на фоне яркого солнца и белоснежных облаков. Аполлон движется вперед, высоко подняв кифару. В этой фреске мастеру удалось гармонично сочетать два настроения: стремительное движение и торжественный, величественный покой. В картине нет перспективы. Небо служит в ней только фоном, а не безграничным пространством.
При создании картины автор не мог не учитывать того обстоятельства, что зритель будет рассматривать композицию по мере подъема по лестнице, с небольшого расстояния. Именно поэтому художник сосредоточил основное внимание на изображении деталей. Хотя нельзя не упомянуть о том, что в основном в композиции используется обобщенное цветовое решение.
Наиболее значительным произведением Шебуева 20-х годов XIX столетия стала роспись плафона Воскресенского храма, который находился в Царском Селе у Екатерининского дворца. Оно стало и первой серьезной монументально-декоративной работой живописца. В 1820 году Шебуев оказался среди людей искусства, специально приглашенных императором для реставрации погибшей в пожаре части дворца, проект которого был создан знаменитыми в то время архитекторами: Квасовым А. В., Растрелли Ф. Б. и Чевакинским С. И.
Руководителем группы мастеров, приглашенных для восстановления старинного здания, был тогда известный архитектор Стасов В. П. Его целью стала реставрация не только стен здания, но и архитектурной стилистики того времени. Живописцы вынуждены были подчиниться общим требованиям к работе и ориентироваться на методы изобразительного искусства ранней эпохи.
Известно, что художник Брюллов занимался росписью плафонов, расположенных в гостиной и столовой. Безсонов работал тогда над реконструкцией картинной галереи дворца. Егоров и Иванов реставрировали иконы, находившиеся в храме Царского Села, а Шебуеву было поручено выполнить роспись плафона храма, которая должна была заменить погибшую композицию, написанную Валериани.
Произведение, созданное Шебуевым для Воскресенской церкви, получило название «Воскресение Христа». Мастер работал над ним в течение долгих трех лет вместо восемнадцати месяцев, определенных Стасовым. Композиция была настолько велика, что художнику пришлось заказать для работы «особенного рода станки… для удобнейшего производства столь большого размера картин…».