Среди произведений живописи, находившихся в Казанском соборе, до наших дней сохранились только лишь три работы, написанные Василием Шебуевым: «Василий Великий» (Русский музей, Санкт-Петербург), «Григорий Богослов» (Русский музей, Санкт-Петербург) и «Иоанн Златоуст». После возведения собора первые две композиции размещались в нишах юго-восточного и северо-западного пилонов, последняя — за проповеднической кафедрой.
Во время создания указанных выше полотен для Шебуева было важным написать такие композиции, которые бы гармонировали с общим интерьером собора. Тогда живописец работал в одной мастерской со скульптором Мартосом И. П., который утверждал, что «скульптура не предмет для поклонения, она служит для украшения храма…». Вероятнее всего, эти слова нашли горячий отклик в душе художника и помогли ему создать произведения, необычайные по красоте и содержательному наполнению.
Долгое время полотно с изображением Иоанна Златоуста считалось утраченным. Однако искусствоведческий анализ одного из произведений, находившихся в Музее истории религии и атеизма (Казанский собор) и значившихся под названием «Василий Великий исцеляет бесноватого», показал, что это не что иное, как знаменитый «Иоанн Златоуст» Василия Шебуева.
Не менее интересна судьба и другого произведения, принадлежавшего кисти Шебуева. Это эскиз к росписи Казанского собора «Григорий Богослов» (1809, Третьяковская галерея, Москва). Долгое время сотрудники музея считали его эскизом к картине «Пророк Илья».
Необходимо сказать, что указанные выше произведения Шебуева достаточно высоко были оценены современниками художника. После его кончины полотна, созданные для оформления Казанского собора, перевели в долговечную мозаику как произведения «отличные… и единственно достойные памятники русского искусства, по примеру Рима, где оригиналы перемещены в музей, а в соборах в мозаики».
Однако не всем композициям Шебуева суждено было быть перенесенными в мозаику. В настоящее время они хранятся в российских музеях и требуют серьезной реставрации.
С течением времени полотно «Василий Великий» приобрело большую популярность у современников художника. Его копировали, создавая гравюры, не только русские, но и западноевропейские мастера изобразительного искусства.
Работа Шебуева в Казанском соборе была по достоинству оценена его товарищами по мастерской и критиками. Аплаксин, анализируя произведения, созданные Боровиковским, Угрюмовым и Ивановым, сопоставляет их с работами Шебуева: «Совсем иной характер носят произведения Шебуева… пионера русской исторической живописи, выполненные в новоисторическом стиле».
Действительно, стиль написания многих композиций, представленных в Казанском соборе, был новым и заметно отличался от произведений (икон и картин религиозного содержания) старых авторов. Их своеобразие и новизна заключалась главным образом в том, что все композиции носили светский характер. Это выражалось в отсутствии золотисто-желтого фона, который был принят в иконописи раннего периода развития русской живописи.
Долгое время совет академии отстаивал перед православным Синодом право на исполнение художниками картин, стиль которых далек от стиля древнерусских авторов икон и фресок. Президент академии говорил о том, что при использовании золотистого фона в произведениях «искусство живописи… совершенно теряется».
В. К. Шебуев. «Торжество на Олимпе». Эскиз росписи купола конференц-зала в здании Академии художеств, 1832 год
Многими современниками не были приняты и поняты произведения, ставшие украшением Казанского собора. Некоторые критики долго не могли смириться с новаторством мастеров живописи и скульптуры. Например, В. Я. Курбатов писал впоследствии: «Большая часть икон, хотя их писали лучшие живописцы эпохи, не особенно удачны, непонятно — рассматривать их как иконы или как картины».
Еще в 1807 году за росписи Казанского собора Шебуев был удостоен звания академика. В том же году за композицию «Полтавская победа» его назначили на должность адъюнкт-профессора по классу исторической живописи.
По воспоминаниям современников, среди коллег и учеников Шебуев был одним из наиболее уважаемых преподавателей Академии художеств. Он всегда ратовал за развитие новых тенденций в живописном искусстве и наставлял учеников не пугаться новизны и не бояться создавать произведения, стиль которых отходит от заданных традиций.
С начала XIX века в Академии художеств изменилась программа обучения. Среди учебных предметов появились естественные науки, история и словесность. Кроме того, академиками были разработаны новые методики преподавания ряда специальных предметов.
Новшества затронули и организационную сторону учебного заведения. Если раньше ученик переходил из класса в класс независимо от таланта, способностей и прилежания, то теперь ученик мог быть переведен в следующий класс только после представления выполненных работ и решения специальной комиссии.