Еще в 1791 году руководством Академии художеств было принято решение оставлять наиболее одаренных и талантливых учеников при учебном заведении. По окончании академии Шебуев стал ее пенсионером.
В академии существовала и другая традиция. Ежегодно педагоги организовывали конкурсы-выставки на присуждение золотой медали. 18 июня 1798 года выпускник и пенсионер академии Василий Шебуев, а также несколько его товарищей были удостоены похвалы совета за программное произведение «Ангел выводит апостола Петра из темницы». Тогда же члены совета постановили задать отличившимся новую программу, с тем чтобы определить их в назначенные (это звание было самым высоким в академической иерархической лестнице).
Долгожданное звание назначенного было получено Шебуевым 14 августа 1800 года. К тому времени им и его товарищами было написано несколько значительных произведений: портрет Павла I, историческая картина «Петр I в сражении под Полтавой» и «Полтавская победа». В том же 1800 году Василий Шебуев был назначен адъюнкт-профессором и с того времени стал исполнять обязанности преподавателя академии.
В 1800 году президентом Академии художеств стал А. С. Строганов. Каждое воскресенье он устраивал в своем доме, который располагался на Невском проспекте, вечера, куда приглашал и пенсионеров академии. Строганов был большим поклонником наук и искусства. Нередко на его вечерах можно было встретить самых разных знаменитых в то время творческих людей: Г. Р. Державина, И. А. Крылова, В. Л. Боровиковского, И. П. Мартоса.
В доме А. С. Строганова хранились произведения искусства самых разных авторов. Спустя некоторое время его коллекцию пополнила и работа, выполненная В. К. Шебуевым. Это было полотно «Старик нищий».
До 1793 года совет профессоров Академии художеств часто направлял учеников в поездки по знаменитым культурным центрам Европы. На некоторое время такие поездки были запрещены, поскольку педагоги опасались негативных последствий, которые могли быть вследствие общения русских молодых художников с либерально настроенной западноевропейской молодежью. Однако по указу А. С. Строганова подобные поездки пенсионеров были вновь учреждены. Летом 1803 года в Рим для изучения искусства античности были направлены пенсионеры Академии художеств: Шебуев, Егоров, Варнек, Уткин, Демут и Дудин.
В. К. Шебуев. «Моисей со скрижалями», этюд к плафону зала Екатерининского дворца в Царском Селе, 1821–1823 годы
Период с конца XVIII по 20-е годы XIX столетия ознаменовал собой новый самостоятельный этап в развитии русского национального изобразительного искусства. Петербургская академия художеств становится к тому времени центром не только русской, но и европейской живописи. Оленин А. Н. писал в то время: «Чужеземные отличные художники за честь себе поставляли быть членами сего знаменитого заведения».
К началу XIX столетия тенденции романтизма стали постепенно проникать и в русскую живопись. Тем не менее ведущими все же оставались классицистические принципы художественного изображения действительности. Наиболее ярко они были выражены в произведениях исторического и религиозного характера. Тогда великий русский историк и писатель Н. М. Карамзин говорил о том, что современному ему «таланту русскому всего ближе и любезнее прославлять русское. Должно приучить россиян к уважению собственного; должно показать, что оно может быть предметом вдохновения артиста и сильных действий искусства на сердце… Пусть в залах Петербургской академии художеств видим мы свою историю в картинах».
По прибытии в Петербург молодые художники, бывшие пенсионеры Академии художеств, стали принимать активное участие в жизни академии. Многие из них были назначены преподавателями, другие же представляли на выставках, проводимых в стенах высшего художественного учебного заведения, свои работы.
После возвращения из Рима Василий Шебуев, наряду с другими своими товарищами, также работал в академии. К тому времени относится создание ими эскизов к поощрительным медалям, которые были предназначены для «обществ и лиц по случаю составления временного земского ополчения 1807 года», а также медалей, посвященных заключению мирного договора, заключенного в 1809 году между Россией и Швецией.
В то же время Шебуев и его товарищ Егоров работали над приготовлением эскизов к росписям Казанского собора. Казанский собор оформляли в тот период истории России, когда весь русский народ поднялся на борьбу с Наполеоном. Сам архитектор А. Н. Воронихин мыслил свое произведение как памятник, воздвигнутый мужеству и храбрости русского солдата. Не случайно позднее собор стал местом захоронения великого полководца XIX столетия, М. И. Кутузова. Впоследствии знаменитый русский живописец рубежа XVIII–XIX веков написал о Казанском соборе следующие строки: «Сие здание, быв представлено единственно для славы отечественных художников, довольно уже служило к возбуждению чести каждого».