А. С. Строганов порекомендовал архитектору пригласить для оформления Казанского собора самых лучших мастеров того времени. Среди скульпторов, занимавшихся украшением храма, были: Демут-Малиновский В. И., Мартос И. П., Гордеев Ф. Г., Прокофьев И. П., Щедрин Ф. Ф. и Пименов С. С. Артель художников представляли Угрюмов Г. И., Боровиковский В. Л., Шебуев В. К., Егоров А. Е., Иванов А. И., Кипренский О. А. и Брюллов К. П.
В 1807 году Шебуев занимался приготовлением эскиза к фреске «Вознесение Богоматери». Роспись была выполнена учениками мастера, Антонелли А. и Васильевым О. Фреска украсила люнет главного западного входа в собор.
К сожалению, указанная роспись не сохранилась до наших дней. До нас дошел только лишь эскиз, сделанный живописцем масляными красками. Однако и глядя на нее, можно оценить высокое мастерство Шебуева в области исторической и религиозной живописи.
Первой росписью, выполненной рукой самого Василия Шебуева, стал плафон «Коронование Богородицы». Однако и он не сохранился до наших дней, поскольку в 1814 году оказался разрушенным при отбитии штукатурки. Судя по воспоминаниям современников, это было произведение искусства, которое производило «чарующее впечатление на зрителей».
Увлечение монументально-декоративным жанром в искусстве пришло к Шебуеву после знакомства с профессором Академии художеств Дуайеном Г. Ф., который был известен как мастер плафонной живописи. Своеобразной репетицией исполнения росписей для Шебуева стало создание им в 1799 году «аллегорических фигур на зеркалах», расположенных в Михайловском замке. Кроме того, во время путешествия по Италии Шебуев по просьбе педагогов уделял особенное внимание фресковой живописи.
Среди произведений живописи, находившихся в Казанском соборе, до наших дней сохранились только лишь три работы, написанные Василием Шебуевым: «Василий Великий» (Русский музей, Санкт-Петербург), «Григорий Богослов» (Русский музей, Санкт-Петербург) и «Иоанн Златоуст». После возведения собора первые две композиции размещались в нишах юго-восточного и северо-западного пилонов, последняя – за проповеднической кафедрой.
Во время создания указанных выше полотен для Шебуева было важным написать такие композиции, которые бы гармонировали с общим интерьером собора. Тогда живописец работал в одной мастерской со скульптором Мартосом И. П., который утверждал, что «скульптура не предмет для поклонения, она служит для украшения храма…». Вероятнее всего, эти слова нашли горячий отклик в душе художника и помогли ему создать произведения, необычайные по красоте и содержательному наполнению.
Долгое время полотно с изображением Иоанна Златоуста считалось утраченным. Однако искусствоведческий анализ одного из произведений, находившихся в Музее истории религии и атеизма (Казанский собор) и значившихся под названием «Василий Великий исцеляет бесноватого», показал, что это не что иное, как знаменитый «Иоанн Златоуст» Василия Шебуева.
Не менее интересна судьба и другого произведения, принадлежавшего кисти Шебуева. Это эскиз к росписи Казанского собора «Григорий Богослов» (1809, Третьяковская галерея, Москва). Долгое время сотрудники музея считали его эскизом к картине «Пророк Илья».
Необходимо сказать, что указанные выше произведения Шебуева достаточно высоко были оценены современниками художника. После его кончины полотна, созданные для оформления Казанского собора, перевели в долговечную мозаику как произведения «отличные… и единственно достойные памятники русского искусства, по примеру Рима, где оригиналы перемещены в музей, а в соборах в мозаики».
Однако не всем композициям Шебуева суждено было быть перенесенными в мозаику. В настоящее время они хранятся в российских музеях и требуют серьезной реставрации.
С течением времени полотно «Василий Великий» приобрело большую популярность у современников художника. Его копировали, создавая гравюры, не только русские, но и западноевропейские мастера изобразительного искусства.
Работа Шебуева в Казанском соборе была по достоинству оценена его товарищами по мастерской и критиками. Аплаксин, анализируя произведения, созданные Боровиковским, Угрюмовым и Ивановым, сопоставляет их с работами Шебуева: «Совсем иной характер носят произведения Шебуева… пионера русской исторической живописи, выполненные в новоисторическом стиле».
Действительно, стиль написания многих композиций, представленных в Казанском соборе, был новым и заметно отличался от произведений (икон и картин религиозного содержания) старых авторов. Их своеобразие и новизна заключалась главным образом в том, что все композиции носили светский характер. Это выражалось в отсутствии золотисто-желтого фона, который был принят в иконописи раннего периода развития русской живописи.
Долгое время совет академии отстаивал перед православным Синодом право на исполнение художниками картин, стиль которых далек от стиля древнерусских авторов икон и фресок. Президент академии говорил о том, что при использовании золотистого фона в произведениях «искусство живописи… совершенно теряется».