Через год после обретения честных останков блаженной праведницы Матроны, 2 мая 1999 года, старицу причислили к лику местночтимых святых Московской епархии.
Прославление святой началось в 12 ч ночи 2 мая с ранней литургии, которую отслужили в нижней церкви покровского храма. После панихиды по святой праведнице большинство людей не стали покидать монастырь, а остались там ждать утренней службы. В течение всей ночи народ, желающий поклониться святым мощам угодницы Божьей, все прибывал, и утром можно было увидеть длинную очередь, которая брала начало у ворот обители, огибала храм Покрова Пресвятой Богородицы и входила в двери собора.
В 9 часов утра, по окончании последних молитв об упокоении души рабы Божией Матроны, Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II зачитал Определение о канонизации в лике местночтимых святых блаженной Матроны Московской (Никоновой Матроны Димитриевны (1881–1952).
После этого церковный хор впервые исполнил тропарь святой блаженной Матроне, величание которой пели все собравшиеся к службе.
В октябре 2004 года по определению Освященного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви святая праведная блаженная Матрона Московская была причислена к лику общецерковных святых и включена в Месяцеслов Русской Православной Церкви.
В настоящее время в обители каждый день после окончания литургии перед ракой со святыми мощами Матроны Московской совершается молебен с акафистом.
Одна из монахинь Покровской обители рассказывает, что при помещении монастыря владыка Арсений как-то произнес: «Вы монашествующие, вы много знаете, много молитесь, но к ней приходят простые люди, они ничего не знают, а только скажут: “Господи, прости нас! Матронушка, помоги нам!” – и она помогает». И это так, матушка помогает всем, кто действительно нуждается в помощи. И посетители обители рассказывают потом насельникам о чудесах, происходящих с ними после обращения к святой – у кого семья распадающаяся вновь соединилась, кто работу хорошую смог найти, чтобы детей прокормить, а кто от наркомании избавился или от онкологического заболевания, а кто-то родственника, без вести сгинувшего, разыскать смог. И каждый день сотни и тысячи таких чудес происходят, и тот, кто хоть раз силу молитвы к святой ощутил на себе, уже не удивляется этому – так сильна вера у русских людей в заступничество «маленькой святой».