1 -й съезд Балтийского флота начал свою работу 25 мая в Гельсингфорсе и продолжался в течение двух недель до 15 июня. Съезд должен был решить немало животрепещущих для моряков Балтики вопросов и, в первую очередь, определить статус высшего выборного флотского органа — Центробалта. Всего на съезд собралось 220 делегатов от всех военно-морских баз и корабельных соединений и береговых частей. В советское время писали, что более трети делегатов были большевики и им сочувствующие, около четверти— эсеры, меньшевики и анархиста, а остальные — беспартийные. Однако понятие «сочувствующе» — это большая натяжка. В то время, когда даже членство в партиях матросы меняли по несколько раз в неделю, а порой и по несколько раз в день, после очередного оратора на митинге, серьезно говорить о неких сочувствующих не приходится. Думается, что большевиков на съезде было не больше, чем представителей их конкурентов по политической борьбе.
Как и следовало ожидать, представители всех революционных партий развернули на съезде упорную борьбу за упрочение своих позиций. В результате разногласий президиум так и не выбрали. Против списка Центробалта (куда были включены в большинстве представители Гельсингфорса и Кронштадта) весьма яростно выступили представители Ревеля и других баз южного берега Балтики. В итоге президиум съезда возглавил эсер с крейсера «Адмирал Макаров» Рубанин, а его товарищами (т.е. заместителями) были избраны матросы Дыбенко и Маркин. В первый же день работы съезда возникли и другие разногласия. Ревельцы потребовали доверия Временному правительству и выполнения всех приказов военного и морского министра Керенского. Ревельцев поддерживали представители Петрограда и Або. Однако большинством голосов эти претензии были отклонены. Затем едва не подрались председатель съезда Рубанин со своим замом Дыбенко. Последний в знак протеста покинул президиум, обложив напоследок председателя отборным матом. Следующий день был посвящен отчетам Центробалта за месяц его существования по разным направлениям. Дыбенко выступал с нападками на командующего флотом и его штаб, обвиняя их в игнорировании Центробалта, а также на Гельсингфорсский Совет, проводивший политическую линию меньшевиков.
Затем со своего поста был смещен председатель эсер Рубанин. На его место делегаты избрали командира линкора «Андрей Первозванный» («Республика») капитана 2-го ранга И.И. Лодыжинского, вступившего к этому времени в партию эсеров. И снова «центро-балтовцам» пришлось отбивать нападки ревельцев. В конце концов ревельцы отступили, хотя порой перепалки грозили перейти врукопашную.
Камнем преткновения стало выступление матроса-большевика Н.Г. Маркина, который предложил жесткую вертикаль подчинения судовых комитетов Центробалту, предложение Маркина после бурных дебатов так и не утвердили, усмотрев в них угрозу матросской демократии. Снова схватились за грудки Рубакин с Дыбенко. Эсер Рубакин всячески поносил и Центробалт, и лично Дыбенко, обвиняя последнего в любовных шашнях с большевичкой Коллонтай, и, как следствие этого, в предательстве общематросских интересов в пользу узкобольшевистских. Но драку снова удалось предотвратить. В результате дальнейшего голосования большинством голосов съезд все же высказался за доверие к Центробалту.
Затем обсуждали устав Центробалта. Опять скандалили ревельцы, требуя принятия устава, разработанного штабом флота и комиссарами Временного правительства и ограничивавшего права Центробалта, делая его подчиненным комфлоту. Центробалтовцы, естественно, возражали. После «бурного заседания» (как гласят документы) «центробалтовцам» удалось отстоять свои права, с минимальным преимуществом. В принятом уставе значилось, что «Центробалт есть высшая инстанция для всех флотских комитетов и высший выборный орган» и что «ни один приказ, касающийся жизни флота, исключая чисто оперативной и, связанной с ней технической деятельности, не имеет силы без одобрения ЦКБФ».
Сам же Центробалт стал отныне подотчетен исключительно съезду моряков Балтийского флота. В те дни авторитет Центробалта среди матросов был велик, как никогда. Согласно принятому уставу, Центробалту поручалось контролировать «все приказания, постановления и распоряжения, касающиеся общественной, политической и внутренней жизни флота, откуда бы они ни исходили». Это значило, что отныне без санкции Центробалта ни один приказ, касающийся Балтийского флота, не мог иметь силы. Центробалт, по мнению участников съезда, должен был стать центром, вокруг которого должны были объединяться все революционные элементы флота, боровшиеся за передачу власти Советам.
Естественно, что это сразу же определило неизбежное противостояние как с командованием флота, так и с Временным правительством. Забегая вперед, отметим, что это противостояние завершилось только после октября 1917 года. После съезда Центробалт был увеличен до 63 человек. При этом выборы производились тайным голосованием непосредственно командами кораблей и личным составом частей флота по норме 1 делегат от 1000 человек сроком на 3 месяца.