Впрочем, уже тогда не всё на Черноморском флоте было так безоблачно, как казалось из Петрограда. 8 марта солдаты Керченской крепостной артиллерийской роты обвинили в оскорблении Временного правительства своего командира полковника Н.М. Кондратовича и добились отстранения от должности. По требованию городского самоуправления был отстранен от должности комендант крепости и военный губернатор города контр-адмирал М.М. Веселкин, отличавшийся строгостью и нетерпимостью к евреям. Тогда же был уволен за участие в разгроме революционного подполья на флоте в 1912 году начальник тыла флота и главный командир Севастопольского порта вице-адмирал П.И. Новицкий. Всех троих Колчак вынужден был, по сути, сдать, во имя собственной популярности.
В середине марта А.В. Колчак на линкоре «Императрица Екатерина» лично вывел часть флота в море, к турецким берегам. По его плану это должно было взбодрить команды и отвлечь их от бесконечных митингов.
Тогда же, по указанию Ставки, командование Черноморским флотом развернуло и интенсивную подготовку крупной десантной операции в районе Босфора. Колчаку в его работе в советах, комитетах существенно помогал полковник А.И. Верховский — начальник штаба ударной дивизии, пользовавшийся доверием Временного правительства. Эта дивизия должна была стать передовым отрядом будущего десанта. Начиная с марта 1917 года, эскадренные миноносцы и гидроавиация Черноморского флота начали проводить систематическую разведку побережья в районе намеченной высадки десанта. Однако нараставшее революционное брожение матросов заставило Ставку в скором будущем отказаться от проведения Босфорской десантной операции, намечавшейся на май 1917 года.
Полностью отвлечь боевой работой матросов от их игр в демократию командующему флотом так и не удалось. По-прежнему то там, то здесь матросы требовали смены тех или иных начальников, и Колчак был вынужден исполнять их требования. Так, 17 марта был отстранен от должности и предан суду (по представлению ЦВИК) помощник командира Севастопольского флотского полуэкипажа полковник по адмиралтейству Н.П. Шперлинг (служивший ранее начальником севастопольской военно-исправительной тюрьмы) «за грубое оскорбление матросов, превышение власти и оскорбление Родзянко и Гучкова». Тогда же, по требованию рабочих, был отстранен от должности начальник Сулинского землечерпательного каравана подполковник корпуса гидрографии В.К. Потапов, а команда сетевого заградителя «Аю-Даг» потребовала удаления старшего офицера корабля подпоручика И. Северина, «как вредного элемента для нового строя». Разумеется, что эти единичные увольнения не шли ни в какое сравнение с происходившей в эти же дни антиофи-церской вакханалией на Балтике, однако и черноморские матросы все больше входили во вкус вседозволенности.
В том же марте команда эскадренного миноносца «Гневный» впервые отказалась выполнить приказ своего командира. Расследование проводил подконтрольный Колчаку т.н. «летучий отряд ЦВИК», и дело было улажено мирным путем — команда через выборных извинилась перед командующим флотом и командиром «Гневного», попросила командира вернуться, на что тот дал согласие, и на этом инцидент был исчерпан. Но сам открытый отказ исполнять приказ командира на боевом корабле в военное время был весьма тревожным сигналом.
В середине марта военный и морской министр А.И. Гучков попросил вице-адмирала А.В. Колчака прибыть в Петроград, а затем и в Псков на совещание главнокомандующих и командующих армиями для обсуждения общего положения на фронте.
22 марта 1917 года был образован Севастопольский Совет рабочих, матросских и солдатских депутатов. Вскоре был создан Центральный комитет Черноморского флота. На флоте начинают появляться первые признаки революционной анархии, усугубляемые противоборством Центрофлота с созданным в Симферополе крымско-татарским национальным правительством.
30 марта 1917 года ЦВИК и Севастопольский Совет военных и рабочих депутатов объединились в Совет депутатов армии, флота и рабочих; в нем, как и в прежнем Совете, доминировали представители умеренных соцпартий. Из 163 депутатов Совета лишь четверо были большевикам.
В конце марта вице-адмирал Колчак подписал приказ о разграничении проступков и соответствующих им наказаний «до установления в законном порядке дисциплинарных взысканий», а в начале апреля утвердил разработанные Центральным исполнительным комитетом Совета депутатов армии, флота и рабочих «Временные правила» о наложении дисциплинарных взысканий.
Чтобы не провоцировать матросов, А.В. Колчак сам поспешил освободить от должностей известных своими монархическими взглядами начальника минной бригады контр-адмирала князя В.В. Трубецкого, начальника штаба флота флигель-адъютанта контрадмирала С.С. Погуляева, начальника учебного отряда флота контрадмирала Ф.А. Винтера 1-го. Однако, несмотря на все принимаемые Колчаком меры, вспышки матросского недовольства все же начали проявляться, причем чем дальше, тем больше.