Избитый юнкерами Дыбенко сорок пять дней после этого, до начала сентября, просидел 45 суток в петроградской тюрьме «Кресты».
Вслед за арестом обеих делегаций балтийцев, за невыполнение приказания был арестован командующий Балтийским флотом контрадмирал Д.Н. Вердеревский. 7 июля 1917 года А.Ф. Керенский издал «разгромный» приказ по армии и флоту, в котором обвинял Кронштадт, революционные корабли Балтийского флота в измене и предательстве, объявил о роспуске Центробалта и немедленном его переизбрании. Основанием для таких решительных мер в основном было воспрепятствование «изменниками» при посредстве Центробалта посылке «верных революции кораблей» для прекращения «предательских беспорядков кронштадтцев». На заседании Центробалта совместно с представителями судовых комитетов этот приказ был расценен как попрание элементарных прав, как провокационный акт, такой же, как и вышеупомянутые телеграммы Б.П. Дудорова. Но собравшиеся решили учесть уроки предыдущей провокации. Они правомерно посчитали, что дать волю эмоциям неустойчивой части матросов — значит под даться на провокацию, а это приведет к дополнительным арестам. На заседании некоторые представители судовых комитетов говорили: «...Если мы опубликуем этот приказ, то этот приказ приведет к гибели». По предложению большевиков заседание приняло решение: «...Принять меры немедленно к выяснению приказа... приказ ввиду его серьезности не опубликовывать».
Центробалт решил выполнить приказ А.Ф. Керенского о своем роспуске, о чем известил флот. В извещении о сложении полномочий говорилось: «Центральный Комитет просит всех сохранять спокойствие и никаких выступлений не делать, а приступить спокойно к выборам нового состава членов в ЦКБФ на прежних началах в срочном порядке». Левонастроенные члены Центробалта, в том числе и большевики, считали, что в условиях разгула «реакции» идти на открытое столкновение с Временным правительством не следует. Это могло привести к роспуску демократической организации моряков-балтийцев вообще. В сложившейся обстановке Центробалт нового созыва первоначально стоял на «соглашательских» позициях, был послушен командованию. Однако вскоре из-за неудач на фронте, экономических трудностей обстановка вновь, как известно, стала меняться в пользу большевиков. Они стали возвращать прежние позиции на флоте. Этому немало способствовало само Временное правительство по логике, подобной февральско-мартовским самосудам: начав судебное преследование большевиков за «мятеж 3—4 июля», оно, таким образом, убеждало матросов, что большевики в этих событиях были с ними. В результате под влиянием оставшейся в Центробалте, хотя и немногочисленной, но крепкой группы большевиков, входившей в прежний его состав, Центробалт начал заметно леветь и к периоду корниловщины в значительной степени отражал большевистскую политическую линию.
Примерно так же развивались события в Кронштадте.
Военно-морской историк Б. Назаренко пишет: «Временное правительство ставило задачу полностью разоружить Кронштадт, сделать из него, как признавал А.Ф. Керенский, просто “базу снабжения, место для разных складов и т.д.” 13 июля с намерением “ликвидировать Кронштадт в ближайшие дни” был назначен новый “решительный” комендант крепости. Для “поддержки” его распоряжений были отданы приказы занять форты Красная Горка и Ино для создания угрозы бомбардировки Кронштадта, а также прислан в город отряд самокатчиков с двумя броневиками и взводом кавалерии. Кронштадтцы, уступая силе, старались не обострять положение». Предъявленные к ним требования (прекращение издания «Голоса правды», освобождение арестованных офицеров и др.) были частично выполнены. Самокатчиков встретили спокойно и разъяснили им, что происходит в Кронштадте. Подобная тактика сдерживания быстро принесла успех. Распропагандированные самокатчики вскоре возвратились в Петроград.
Одновременный арест сразу двух делегаций Балтийского флота вызвал вполне ожидаемую реакцию матросов. Возмущению братвы не было предела. Впрочем, Керенский до конца идти все же не решился. Через три дня он распорядился выпустить арестованных делегатов, кроме членов Центробалта. В отношении Дыбенко, Хов-рина, Измайлова, Лооса, Крючкова, Разина и Берга было решено передать их «на рассмотрение судебной власти для формулирования обвинения». Это весьма любопытно, что государство арестовало матросов до официального предъявления им какого-либо обвинения. Впрочем, за обвинением дело не стало, и уже спустя пять дней военно-морской следователь подполковник Шубин закончил следствие и вынес постановление о передаче дела центробалтовцев в военный суд. Обвинения им было предъявлены весьма серьезные. Члены Центробалта обвинялись в государственной измене, которая выразилась в их противодействии отправке вооруженной силы в Петроград по требованию правительства и ВЦИК Советов и в самочинном приводе кораблей с боевых позиций в тот же Петроград, а также в шпионаже в пользу германского Генерального штаба. Обвиняемым грозила реальная смертная казнь.