7 июля Керенский, стремясь сохранить за собой инициативу, издал приказ по армии и флоту, в котором обвинил балтийцев в измене Отчеству. Персонально обвинялся Кронштадт, линкоры «Республика» и «Петропавловск». Одновременно приказ требовал распустить Центробалт и немедленно его переизбрать. Также Керенский требовал немедленного ареста и препровождения в столицу главных смутьянов с «Республики» и «Петропавловска».
Власти, пользуясь моментом, перешли в решительное наступление. Немедленно было запрещено распространение в действующей армии большевистских газет. Первый пулеметный полк был расформирован и отправлен на фронт, а его полковой комитет арестован. При этом часть солдат, разумеется, дезертировала.
Июльские события на какое-то время фактически привели к сворачиванию режима «двоевластия»: благодаря своим жестким методам в июле Временному правительству удалось на несколько месяцев оттеснить Совет. Что касается эсеро-меньшевистского Петросовета, то он сразу же признал новый состав Временного правительства «правительством спасения революции».
В результате июльского кризиса было сформировано второе коалиционное правительство, возглавляемое А. Керенским, который при этом сохранил посты военного и морского министров. Состав правительства стал преимущественно социалистическим, в него вошли эсеры, меньшевики и радикальные демократы.
Что касается матросов, то, по мнению лидера партии конституционных демократов П.Н. Милюкова, именно матросы в июльских событиях были «зачинщиками движения». По мнению В.И. Ленина, наряду с казаками они — «две главные и особенно ясные группы». По мнению меньшевика Н.Н. Суханова, именно матросы были «главной — не только технической, но, можно сказать, политической силой».
Уже 6 июля Временным правительством была создана особая следственная комиссия для расследования восстания и привлечения виновных к ответственности. Согласно приказу Временного правительства, аресту подлежали: Ленин, Луначарский, Зиновьев, Коллонтай, Семашко, Парвус, Ганецкий и другие. Сам В.И. Ленин в это время прятался вначале под Сестрорецком, а потом в Финляндии неподалеку от Гельсингфорса.
Вслед за арестом делегаций балтийцев последовал арест и контрадмирала Вердеревского за невыполнение приказания министра. 7 июля 1917 года Керенский издал «разгромный» приказ по армии и флоту, в котором обвинял Кронштадт, корабли Балтийского флота в измене и предательстве, объявил о роспуске Центробалта и немедленном его переизбрании. Основанием для таких решительных мер в основном было воспрепятствование «изменниками» при посредстве Центробалта посылке «верных революции кораблей» для прекращения «предательских беспорядков кронштадтцев».
В ответ на этот приказ в Гельсингфорсе было немедленно собрано заседание Центробалта, в составе членов первого и второго созывов под председательством матроса-большевика А. Баранова. Оглашение приказа Керенского было встречено свистом, топотом ног и отборным матом. Разумеется, что ни о каком выполнении требований Керенского не могло быть и речи. Особенно возмутило матросов обвинение их в шпионстве на Германию. Вышедшая на следующий день гельсингфорская газета «Волна» опубликовала передовицу по этому поводу: «Против наших идей окажутся бессильными все ваши каторжные законы. С полной и твердой верой в свою правоту и конечную победу мы повторяем: «“Нас не запугаете!”» Прокатились митинги и по кораблям, где возмущенные «самоуправством» Керенского команды заявили, что никогда изменниками они не были, и по-прежнему будут защищать свои политические требования и полностью поддерживать Центробалт. Но дальше лозунгов у матросов на этот раз дело не пошло. Были закрыты флотские газеты: в Гельсингфорсе «Волна», в Кронштадте «Голос правды» и в Ревеле «Утро правды» и «Кийр». По воспоминаниям матроса-большевика В.Н. Залежского, в Гельсингфорсе из активных большевиков остался лишь он и агитатор Б.А. Жемчужин.
На заседании самого Центробалта совместно с представителями судовых комитетов приказ Керенского был расценен как попрание матросских прав и провокация. Однако дерзить в этот момент Керенскому было опасно...
Примерно так же развивались события в Кронштадте. Временное правительство ставило задачу полностью разоружить Кронштадт, сделать из него, как признавал Керенский, просто «базу снабжения, место для разных складов и т.д.». 13 июля с намерением «ликвидировать Кронштадт в ближайшие дни» был назначен новый «решительный» комендант крепости. Правительство потребовало от кронштадтцев выдачи и местных большевистских лидеров.