30 апреля Яковлев переплыл через Кодацкий порог; разбило у него два судна, но людей на них не погибло никого. Причиною такой потери было то, что лоцманов, умевших проводить суда через пороги, не было: все кодацкие жители разбежались, а место их на судах занимали новобогородские стрельцы. Тут стали приходить к Яковлеву запорожцы с повинною, но Яковлев заметил, что это делается неискренно: взятые в плен на островах показали, что приезжавшие к ним запорожцы уговаривали их. чтоб они не склонялись на царскую сторону, а шли бы в Сечу чинить отпор царскому войску. Полковник Яковлев приказал сжечь Старый и Новый Кодак с их предместьями с той целью, чтобы там уже не было более пристанища «ворам». Он отправил в обе стороны от Днепра в степи отряды, в одну сторону — царского войска подполковника Барина и козацкого полковника Кандыбу, в другую — царского войска подполковника Башмакова, и приказал истреблять без остатка бежавших мятежников. Скоро затем подоспела конница, отправившаяся по берегу Днепра, в то время как пехота села на суда. Тогда полковник Яковлев сообразил, что теперь плывущие по Днепру будут обезопасены от внезапного нападения противников с берега, и плыл далее.
7 мая приплыл Яковлев с своим отрядом к Каменному Затону, к городку, построенному близ самой Сечи. Вступать в городок было небезопасно: слышно было, что там есть люди, хворающие заразительною болезнью. Яковлев расположился близко городка и послал в Сечу козака Сметану с увещательным письмом князя Меншикова к запорожцам. Сметана не возвратился. Пойманный запорожский козак сказал, что посланца, привезшего письмо, вместо ответа бросили в воду. Яковлев попытался послать в Сечу другое письмо, уже лично от себя, применяясь к прежде посланному письму князя Меншикова. Пришел от запорожцев ответ — неизвестно, словесный или письменный — в таком смысле, что запорожцы не бунтовщики, держатся стороны царского величества, но царских посланных близко не допускают. Между тем один запорожец, подвергнутый допросу, сообщил, что кошевой Петро Сорочинский и Кирик Менько ездили в Крым, и потом хан прислал из Крыма в Сечу 15 татар, которых запорожцы отправили к Мазепе, а сами с часу на час ожидают вспомогательной татарской силы. Яковлев послал сделать осмотр, как бы ему проникнуть в Сечу. Оказалось, что по случаю сильного половодья вся Сечь была окружена водою и многие курени затоплены. Невозможно было пристать к Сече судами, а по степи, где обыкновенно в другие времена года был сухой путь, глубокая вода захватила пространство сажен на тридцать. Яковлев послал офицеров, переодетых в козацкое платье, рассмотреть, откуда бы можно было приступить к Сече. Они сообщили, что вода нигде не допускает проходить. Посланная на лодках партия солдат напала на запорожский отъезжий караул; русские перебили и потопили многих запорожцев, привели живьем одного пленника, и тот показал, что все запорожцы, как один человек, не хотят склоняться к царскому величеству. «Замерзело воровство во всех», — выражался Яковлев в своем донесении Меншикову.
Яковлев приказал насыпать шанцы и поставить на них орудия, но стрелять приходилось трудно на далекое пространство через воду, а сухопутьем никак нельзя было приблизиться к Сечи. Приступ начали на лодках: он пошел неудачно для царских сил. У Яковлева было убито от 200 до 300 человек, а раненых было еще больше, и в том числе офицеров: те, которые попадались запорожцам в плен, были подвергаемы бесстыдным истязаниям и мучительой смерти.