Но вдруг поворотилось дело иначе. Явился присланный от генерал-майора Волконского компанейский полковник Игнат Кгалаган с своим полком и с драгунами, поверенными ему от генерала Волконского. Кгалаган не был незнаком с запорожцами. Он провел молодость в Сече, отличался много раз в удалых козацких подвигах; его избирали даже в кошевые. Воротившись от Мазепы, он получил царское прощение и милость, стал верно служить своему государю и теперь, исполняя царскую волю, шел громить Сечу, ему когда-то близкую и, так сказать, родную. Он знал все входы и исходы этой Сечи; все козацкие «звычаи» сечевой братии ему были известны. Сначала запорожцы, увидя идущую к ним новую ратную силу, думали: не татары ли это, которых обещал хан прислать. Но потом, когда узнали, что за гости прибыли к ним, пришли в смятение. Русские ворвались в город и начали избиение. Кгалаган кричал: «Положите оружие и сдавайтесь, будет вам пощада!» Запорожцы впоследствии говорили, что Кгалаган дал тогда присягу, и только доверившись такой присяге, запорожцы покорились. 300 человек было взято в плен; в числе их были старшины запорожского коша. Яковлев приказал знатнейших из пленников заковать, а прочих казнить на месте «по достоинству». Запорожцы впоследствии говорили, что казни эти сопровождались страшною свирепостью. Все пушки, военные принадлежности и войсковые клейноты были описаны и взяты. Яковлев, исполняя царский указ, сжег все курени и всякое строение в Сече, «чтоб оное измен ничье гнездо весьма искоренить», а Кгалаган, в ревности к исполнению царской воли, не остановился только на этом, но отправился в погоню за разбежавшимися запорожцами, ловил их и отдавал на расправу войсковому русскому начальству.
Петр, получивши известие о разорении Сечи, был чрезвычайно доволен, потому что считал Запорожье важнейшим корнем измены и всякой смуты в Украине. Он издал манифест ко всем малороссиянам, излагал в нем вины запорожцев, их коварство, с каким они в последнее время старались обмануть русское правительство, прикидываясь покорными, и в то же время вели вредные для России сношения с неприятелями. Царь оповещал, что запорожцы сами виновны в своей погибели, приказывал ловить убежавших из Сечи и доставлять полковникам и сотникам для отсылки на расправу. Но тем из них, которые сами явятся с повинною и принесут раскаяние, обещалась пощада.
27 мая к войску, стоявшему напротив Полтавы, прибыл Шереметев, а 1 июня приехал туда же давно ожидаемый царь и привел с собою свежие военные силы.
С этих пор сторона шведская заметно стала оказываться слабейшею в сравнении с русскою. У русских беспрестанно прибывали силы и скоро у них было, как говорили, до 80 000; шведы между тем беспрестанно теряли свои силы от большого числа побитых в боях и умерших по причине болезней и всякого рода лишений. Все чаще и чаще становились случаи перебега к русским. Добывание Полтавы не удавалось так легко, как думал вначале король, поддаваясь советам Мазепы и своего фельдмаршала Реншильда, который надеялся, что русские, неучи и варвары, не сумеют вести правильной защиты и скоро сдадутся. Осада затянулась. Попытки небольших приступов были отражены. Шведам удавалось иногда взобраться на крепостной вал: тогда из Полтавыбежали отбивать их не только царские воины, но и жители со всяким оружием, даже старики, женщины и полувзрослые ребята. Шведы подводили под крепостной вал мины, но один унтер-офицер из шведского войска, похитивший ротные деньги и страшившийся за то кары, убежал к русским и открыл им, куда ведется мина, а русские, по его указанию, устроили контрмину и выбрали порох, подложенный к шведской мине. Король с своею обычною отвагою и стойкостью употреблял всякие усилия, чтобы воодушевить воинов собственным примером. Он приказал устроить помещение для себя близко полтавского вала, так что до стен домика, построенного для короля, долетали неприятельские пули. Все это поддерживало высокое уважение в шведах к своему государю, но делу не могло помочь настолько, чтобы дать шведам перевес в войне. У шведов уже чувствовался недостаток пороха и боевых запасов, и шведские солдаты подбирали на поле неприятельские пули, чтобы снова заряжать ими свои ружья. Почти все инженерные офицеры были у них побиты, и их заменяли офицерами из строевых полков, мало сведущими в инженерном искусстве. Запорожцы, работавшие в траншеях, после нескольких поражений, нанесенных им вылазками осажденных, стали покидать свои земляные работы и кричали, что копаться в земле — дело мужицкое, недостойное их рыцарского звания. Уже в шведском стане чувствовался и недостаток в съестных припасах; истощился небольшой округ окрестностей Полтавы, где размещалось шведское войско; солдаты питались кониною и плохим хлебом, а кружка водки у маркитантов продавалась от семи до десяти талеров. Бедные голодные солдаты вопили: или смерти, или хлеба!