Хотя арест и убийство Жака де Моле королем Филиппом прошли столь же успешно, как расправа Гитлера с Рёмом и его штурмовиками, не сохранилось никаких сведений о том, что король нашел в Париже казну храмовников, а также архивы ордена и его флот, который базировался главным образом в Лa-Рошели, Бретань. Многие свидетельства и некоторые предания указывают на то, что казну и большую часть архивов вывезли на судах храмовники, бежавшие в Португалию, на западное и восточное побережья Шотландии, где их радушно приняли. Получивший предупреждение де Моле приказал изъять многие архивы и сжечь. Одним из признаний, вырванных у французских рыцарей-храмовников инквизицией и записанных по-латыни, являются показания Иоанна де Шалона из Пуатье. Он утверждал, что Жерар де Вильер, настоятель ордена, подчинявшийся казначею, Гуго де Перо, заранее узнал о будущих массовых арестах и бежал из Парижа с пятьюдесятью рыцарями, которым приказал выйти в море на восемнадцати галерах ордена. Добавил, что еще один рыцарь, Гуго де Шалон, бежал "со всеми сокровищами казначея, брата Гуго де Перо" —
Рыцари, которым удалось бежать морем, отправились в Шотландию и Португалию, высадились на сушу возле Назаре и оттуда отправились в свою главную крепость, в Томар. Там храмовников приняли особенно хорошо благодаря их опыту в мореплавании. В Леванте они на своих парусных судах первыми стали использовать компас, треугольный парус, который переняли у арабских дау, и рулевых. Само слово, которое использовали для названия судна,
В европейских странах храмовники слились с госпитальерами или покинули орден и ушли в подполье. Однако в Германии они присоединились к тевтонским рыцарям, которые пытались создать империю на Востоке, и приняли слегка иные ритуалы. Орден тевтонских рыцарей (или Братство Тевтонской церкви святой Марии Иерусалимской) был основан в 1191 году как полевой госпиталь при осаде Акры. Эти рыцари представляли собой остатки германского контингента в Третьем крестовом походе, Иерусалима они так и не достигли. Их устав был скопирован с устава храмовников; штаб-квартира их в Святой Земле находилась в замке Монфор-Штаркенберг.
Сто лет спустя после основания ордена, когда Акра пала, тевтонские рыцари перенесли штаб-квартиру в Венецию. Это был знаменательный выбор. Венеция находилась на полпути между Левантом и сухопутными торговыми путями из Германии и Пруссии, где рыцари уже создавали империю. В сентябре 1309 года Великий магистр Зигфрид фон Фейхтванген перенес центр ордена в Мариенбург в Пруссии. У рыцарей не было власти в Венеции, вероятность нового крестового похода была невысокой, перспективы у них были на востоке, на пограничной полосе с Россией, и они не хотели разделить судьбу храмовников во Франции. В Германии они были бы защищены как военная сила государства и епископы крестового похода для покорения и обращения в христианство языческой Литвы. С двенадцатью округами в Священной Римской империи, простиравшейся от Эльзаса до Австрии и Саксонии, и завоеванием Ливонии, орден представлял собой светскую силу.