Предполагалось, что агент-пропагандист Ульянов (Ленин) давно был привлечен к сотрудничеству немецко-австрийской властью в борьбе с Россией. Через три месяца после начала войны возникла его связь с австрийским штабом, и он, будучи задержан как российский гражданин, получил не только свободу, но и покровительство и в этом же году уехал в Швейцарию. Именно этим периодом деятельности Ленина занимался следователь Александров. Сведений об этом процессе сохранилось мало, однако Керенский позже свидетельствовал: «
Главным свидетелем обвинения считался некий прапорщик 16-го сибирского стрелкового полка Д. С. Ермоленко, попавший в плен и переброшенный немцами в апреле 1917 года в тыл 4-й армии, где он и был задержан. По его словам, он был завербован немцами и переброшен в Россию для проведения агитации с целью смены Временного правительства, отделения Украины от России и наискорейшего заключения мира с Германией. Ермоленко под присягой и в присутствии прокурора дал показания о передаче немцами денег большевикам и лично В. И. Ленину.
Обвинительный материал пополнялся также за счет показаний Алексинского, Мартова, начальника контрразведки штаба Медведева, бывших директора департамента полиции Белецкого и главнокомандующего русской армией Алексеева, а также некоторых других лиц, враждебно настроенных к большевикам. Но вскоре выяснилось, что их показания не подтверждаются другими объективными доказательствами. «
Однако из Министерства юстиции продолжали усиленно давить на следователей, требуя скорейшего ареста В. И. Ленина, который был «центральной и крупной фигурой следствия». П. А. Александров считал, что результаты следствия не дают оснований для ареста вождя большевиков, и поэтому отказался пойти на этот шаг. Тогда Керенский лично дал указание о допросе Ленина. Александров вынужден был выдать полиции предписание о приводе Ленина для допроса, твердо решив не арестовывать его, о чем поставил в известность прокурора судебной палаты. Однако постановление следователя выполнено не было.