Генерал-прокурор А. С. Зарудный постоянно интересовался ходом расследования. После своего назначения он потребовал от Александрова предоставить ему материалы, но через несколько дней вернул их, так и не дав никаких письменных указаний, в каком направлении продолжать работу. Впрочем, у них произошло одно серьезное столкновение – по делу Л. Б. Каменева. Во время следствия из контрразведки поступил дополнительный материал о виновности Каменева в государственной измене, но Александров считал, что бессмысленно привлекать человека в качестве обвиняемого по делу, которое вот-вот будет прекращено. Однако Зарудный заявил, что «надо быть последовательным, и если привлечены Троцкий и другие, то должен быть привлечен и Каменев». Александров возразил, что «лучше быть непоследовательным в правде, чем последовательным в неправде», Зарудный не стал настаивать, но передал это дело следователю Сергеевскому, однако и тот не предъявил обвинения, после чего Каменева освободили. К августу 1917 года стало ясно, что пока доказательств собрано мало и дело не имеет никакой судебной перспективы, к тому же на комиссию оказывалось давление со стороны Советов, но А. С. Зарудный не соглашался на его прекращение. Тогда Александров начал изменять меру пресечения обвиняемым. В августе он вынес постановление об освобождении А. В. Луначарского под залог пять тысяч рублей, а позже снизил сумму до трех тысяч. При освобождении Коллонтай следователь также проявил гуманность и посоветовал хлопочущей за нее Шадурской, у которой не хватало денег, купить ренту, курс которой был тогда на 30 процентов ниже номинала, и принял эту ренту по номиналу, снизив тем самым сумму залога.
Позже были освобождены Троцкий, Раскольников и другие большевики. Кроме залога, освобожденные давали еще и подписки о невыезде из города, однако Коллонтай была выслана в административном порядке. Узнав о подобном бесцеремонном вмешательстве полицейских властей в следственное дело, Александров возмутился. Он писал: «Эта практика явилась новой и вряд ли допустимой даже по сравнению с дореволюционным отношением административных органов к судебному ведомству». Он подал жалобу А. С. Зарудному, но безрезультатно.
Вскоре после этого П. А. Александров был вынужден оставить работу в комиссии. Его направили в Пятигорск, поручив заняться делом о попытке освобождения царя. Это произошло незадолго до Октябрьской революции. 17 октября 1917 года Александров допросил своего последнего свидетеля – Алексеева. Дело в отношении большевиков так и не было завершено.
После Октябрьской революции Павел Александрович занимал последовательно ряд довольно скромных должностей в советских учреждениях: сначала был управляющим контрольно-ревизионным отделом по топливу в Петрограде, потом заведовал общей канцелярией Главного управления принудительных и общественных работ в Москве, был делопроизводителем, заведующим хозяйством и казначеем в воинской части в Уфе, юрисконсультом торгово-промышленной конторы и конторы «Главсахар», успел поработать и в некоторых других местах, однако старался особо не быть на виду.
Но участие Александрова в расследовании дела об июльских событиях 1917 года все же сыграло роковую роль в судьбе бывшего следователя по особо важным делам. Первый раз он был арестован 21 октября 1918 года и пробыл в заключении два года, вторично его арестовали уже через двадцать лет – 18 января 1939 года, даже без возбуждения в отношении него уголовного дела, а также в нарушение постановления Президиума ЦИК СССР от 2 ноября 1927 года «Об амнистии в ознаменование 10-летия Октябрьской революции». Ходатайство органов госбезопасности о том, чтобы не применять в отношении Александрова амнистию, было утверждено прокуратурой Союза ССР только 22 мая 1939 года, а решение об этом Президиума Верховного Совета СССР последовало лишь 11 ноября 1939 года. По иронии судьбы Александров проживал тогда напротив здания прокуратуры Союза ССР на Большой Дмитровке, в доме № 20. Следствие велось довольно долго и предвзято. Дело П. А. Александрова было заслушано 16 июля 1940 года на закрытом заседании Военной коллегии Верховного суда СССР. Он был признан виновным в том, что «искусственно создал провокационное дело по обвинению В. И. Ленина и других руководителей партии большевиков о так называемом шпионаже в пользу Германии и государственной измене в связи с июльскими событиями 1917 года в Петрограде». В тот же день Александров был приговорен к высшей мере наказания – расстрелу.
Данных о дате казни в деле нет, но обычно такие приговоры исполнялись незамедлительно.
В ноябре 1993 года Павел Александрович был полностью реабилитирован.
«Телеграмма об аресте Ленина»