Забот у руководителя прокуратуры второй по величине советской республики, серьезно пострадавшей от фашистов, было предостаточно. Прокурорский надзор был направлен на выполнение директив правительства о восстановлении народного хозяйства, соблюдение прав военнослужащих и членов их семей, инвалидов войны, трудящихся предприятий и колхозов, борьбу с детской беспризорностью. Р. А. Руденко лично возглавил работу по расследованию фактов злодеяний, бесчинств и террора нацистов против мирных жителей. Собранные по этому вопросу материалы передавались в созданную Правительством СССР Чрезвычайную государственную комиссию.
Незадолго до освобождения Киева, 4 октября 1943 года, Руденко своим приказом создал специальную группу. В приказе говорилось:
«
Прокуроры вошли в город 6 ноября, вслед за войсками. Член группы К. Н. Гавинский вспоминал: «…
В столицу республики, еще дымящуюся военными пожарами, переместились Р. А. Руденко и весь аппарат прокуратуры.
Гавинский, с которым мне довелось работать в Прокуратуре УССР, рассказывал мне, что Роман Андреевич проявил тогда большие организаторские способности и умение работать в экстремальных условиях. Был очень доступным для общения руководителем, все вопросы решал быстро, четко и профессионально.
В начале 1944 года на освобожденной территории Украины уже действовала 321 районная прокуратура. Кадры для них собирали по всей стране. По состоянию на июнь 1944 года в распоряжение прокурора УССР прибыли две тысячи человек.
Этого, конечно, не хватало, тогда Р. А. Руденко распорядился создать в шести городах краткосрочные юридические курсы.
Будучи профессионалом, он часто выступал в судах в качестве государственного обвинителя, в том числе и в Москве. Например, с 20 по 22 июня 1945 года Военная коллегия Верховного суда СССР рассматривала дело по обвинению генерала Л. Б. Окулицкого и других (всего 15 человек), руководивших польским подпольем в тылу Красной армии (так называемой Армией Крайовой). В ходе террористической деятельности этой «армии» только с июля 1944 по май 1945 года были убиты и ранены около пятисот советских солдат и офицеров.
Основным обвинителем был утвержден Главный военный прокурор Н. П. Афанасьев. Когда при обсуждении этого дела у Сталина возник вопрос о том, кто будет помогать обвинителю, Афанасьев назвал прокурора Украинской ССР Р. А. Руденко. Сталин с ним согласился.
Процесс был громким, его широко освещала советская и зарубежная пресса, некоторые заседания транслировались по радио на всю страну. Роман Андреевич показал себя на этом процессе настойчивым и находчивым обвинителем, ярким, красноречивым оратором. Сталин не мог этого не заметить – возможно, внимание вождя и было причиной назначения Руденко Главным обвинителем от СССР на Нюрнбергском процессе.