Н. С. Хрущёву и Г. М. Маленкову, вершившим тогда дела в стране, нужен был авторитетный и умелый правовед, облеченный должностью союзного масштаба. В Москву был срочно вызван прокурор УССР Руденко. В воспоминаниях Хрущёва об этом сказано так: «
Не зная о цели вызова, Роман Андреевич отправился в Москву из Киева 29 июня 1953 года. Командировочное удостоверение свидетельствовало, что он едет в столицу «по служебным делам» на семь дней. Кто мог предполагать, что недельная командировка растянется на 27 лет напряженной работы на посту главного законника страны?
События развивались с ошеломительной скоростью. В тот же день на заседании Президиума ЦК КПСС Руденко был утвержден Генеральным прокурором СССР вместо смещенного Сафонова. 29 июня вышел соответствующий указ Президиума Верховного Совета СССР. На том же заседании Президиума ЦК было принято постановление «Об организации следствия по делу о преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берии».
Вести следствие поручалось Руденко. Спешка была немыслимой. Ему предлагалось в суточный срок подобрать следственный аппарат, доложив о его персональном составе Президиуму ЦК КПСС, и немедленно приступить, «с учетом данных на заседании Президиума ЦК указаний», к выявлению и расследованию «фактов враждебной антипартийной и антигосударственной деятельности Берии через его окружение (Кобулов Б., Кобулов А., Мешик, Саркисов, Гоглидзе, Шария и др.)».
Первого июля 1953 года работников Прокуратуры СССР срочно собрали в Мраморном зале. Перед ними появился Р. А. Руденко – один, без обычного в таких случаях представителя ЦК, и объявил, что он назначен Генеральным прокурором.
Следственная работа закипела. Однако, как и следовало ожидать, результат был задан сверху. Еще до начала следствия были опубликованы партийные и государственные решения по делу Берии, в которых он уже был назван преступником. Следствию, а затем и суду лишь предстояло облечь в юридическую «упаковку» партийные и советские директивы, и никакой Генеральный прокурор при всем желании не смог бы сломать этот порядок вещей.
Нарушений юридических норм и традиций было немало. Проект обвинительного заключения рассматривался и дорабатывался не в прокуратуре, а на заседании Президиума ЦК. Более того, «для усиления партийного влияния» к шлифовке этого документа был приставлен секретарь ЦК КПСС М. А. Суслов. Кандидатов в состав специального присутствия Верховного суда СССР обязан был предложить Р. А. Руденко, то есть прокурору самому предстояло определить судей по делу, по которому он вел следствие. Вдобавок Президиум ЦК решил, что дело Берии и его соучастников должно рассматриваться на закрытом судебном заседании, без участия сторон, то есть без обвинителей и защитников.
Из восьми назначенных судей только двое имели отношение к органам юстиции. Одним из этих двух был первый заместитель председателя Верховного суда СССР и председатель Московского городского суда Л. А. Громов. Остальные являлись партийными и профсоюзными функционерами, военными. Судья К. Ф. Лунев, например, был первым заместителем министра внутренних дел СССР.
Генерал армии Москаленко, участвовавший в аресте Берии, и вовсе оказался в нескольких ипостасях. Он был в составе следственной бригады, затем в числе судей и, наконец, участвовал в расстреле Берии. Чтобы один и тот же человек арестовывал, вел следствие, судил и приводил приговор в исполнение – такого не случалось даже во время репрессий тридцатых годов!
Все подсудимые обвинялись по давно затверженным статьям Уголовного кодекса, предусматривающим ответственность за государственные преступления (измена Родине, совершение террористических актов, активная борьба против рабочего класса и революционного движения и т. д.). Судебное заседание открылось 18 и закончилось 23 декабря 1953 года вынесением смертного приговора всем подсудимым. В день окончания суда приговор был приведен в исполнение в присутствии Генерального прокурора СССР.