В 1617 году Козимо II был втянут в конфликт, разразившийся между королем Людовиком XIII и его матерью Марией Медичи, своей двоюродной сестрой, в связи с убийством французского советника тосканского происхождения Кончино Кончини. Французский государь потребовал конфискации активов, которыми владела семья Кончини во Флоренции, после смерти предателя. Это была даже не просьба, а приказ, против которого Козимо II не мог пойти. В 1619 году великий герцог получил просьбу от императора набрать для него полк и отправить в Германию за счет тосканского государства. Хотя это и не оказалось решающим в Тридцатилетней войне, но послужило поводом для Козимо просить императора о присвоении важного порта Пьомбино, откуда было близко до острова Эльба. Правда, уже через два года полк был уволен, и Козимо II так и не получил Пьомбино.
Герцог пытался следовать христианским идеалам в войне против турок и открыть новые торговые пути. Вместе с тосканским флотом он принял участие в нескольких экспедициях в Северную Африку, которые привели к завоеванию крепости Дисто в Негропонте и Элимано в Карамании. Козимо II также пытался поддержать шаха Персии Аббаса Великого в его попытке подорвать Османскую империю, но безуспешно. Эта операция провалилась из-за колебаний самого великого герцога, который не чувствовал себя готовым вести войну против османов, не выслушав сначала мнение папы и Испании по этому поводу. Не говоря уже о том, что освобождение Иерусалима все еще казалось недостижимой целью христиан. Кроме того, Козимо поддерживал эмира Ливана Фахр-ад-Дина, который пытался создать антитурецкую коалицию в Европе и собирал союзников. Эмир разъезжал по разным странам, гостил у Козимо во Флоренции, где его прозвали Факкадино. Но единственное, чего он смог добиться, – это восхищение флорентийцев своими пестрыми восточными нарядами. Из затеи Факкадино ничего не вышло, его планы оказались невыполнимы.
Несмотря на эти сложности и ошибки, правительство Козимо II было достаточно мудрым и справедливым. Это обеспечило Тоскане период относительного экономического благополучия и демографического роста, несмотря на повышение налогов и несколько лет неурожая. После смерти отца Козимо пришлось заниматься браками своих сестер, Екатерины и Клаудии, то есть искать женихов и выплачивать их приданое. Деньги были нужны и на содержание сестры-инвалида Марии Магдалины, и дочери Марии Кристины. А там и другие дочери, Маргарита и Анна, начали подрастать. Правда, выдавать их замуж было еще рано, но уже можно было начинать подыскивать им подходящую партию. Даже когда Козимо стал совершеннолетним, из-за плохого здоровья он с 1614 года передавал большую часть государственных дел премьер-министру Белисарио Винте и многим членам семьи, включая свою жену, брата Франческо, дядю Джованни, сына Козимо I и Элеоноры Альбицци и, прежде всего, свою мать – Кристину Лотарингскую.
Зная, что он долго не проживет, Козимо способствовал сотрудничеству между его пятью сыновьями. Это было важно для того, чтобы старшему сыну Фердинанду Медичи не пришлось столкнуться с тяжелым наследством правления в одиночку. Благодаря этому все братья выросли очень дружными, они всегда поддерживали друг друга и помогали старшему, Фердинанду, управлять герцогством. Кроме того, Козимо II дал четкие указания насчет регентства в случае его смерти: никаких иностранцев, никаких духовников, только его мать и жена до совершеннолетия Фердинанда. Впоследствии правление двух вдовствующих герцогинь нанесло большой ущерб экономике Тосканы, и в эпоху правления его сына Фердинанда начался закат династии Медичи.
Дворец Питти и сад Боболи
Во времена правления Козимо II было решено расширить дворец Питти и сады Боболи. Палаццо был слишком мал для разросшейся семьи герцога и многочисленного двора. Кроме того, семья Медичи, как родственники императора, должны были соответствовать уровню пышных дворов Европы, и жить в таком маленьком дворце не подобало их рангу. Проект поручили архитектору Джулио Париджи, который впоследствии привлек к работе своего сына Альфонсо Париджи. В результате при жизни Козимо начали пристраивать два трехэтажных крыла с шестью дополнительными окнами: по три с каждой стороны, плюс два двухэтажных крыла, так что на втором этаже получилось 23 окна. Козимо II умер через три года после начала работ, их продолжили уже при правлении регентш Кристины Лотарингской и Марии Магдалины Австрийской, а закончили в эпоху правления его сына Фердинанда II.
При Козимо II успели отлить по его заказу бронзовую копию с античной римской статуи «кабанчика», которую папа Пий V подарил его деду Козимо I Медичи. Эту работу выполнил скульптор Пьетро Такка, и Великий герцог украсил статуей бронзового Кабанчика свои апартаменты во дворце Питти.