Как человек очень верующий Козимо часто совершал паломничества по святым местам и отовсюду привозил во Флоренцию святые мощи. Кроме того, он рассылал агентов, которые скупали для него реликвии в большом количестве. Для святых мощей его ювелиры и работники фабрики обработки самоцветов выполняли роскошные реликварии из серебра или бронзы с позолотой, украшенные драгоценными и полудрагоценными камнями. Большие коллекции этих урн с мощами разных святых находятся во дворце Питти, в усыпальнице Медичи, в церкви Сан-Лоренцо, в музее собора Санта-Мария дель Фьоре.
Для мощей святого покровителя Пизы Раньери Скаккери Козимо III заказал великолепный реликварий в форме саркофага в стиле барокко из золота и серебра, который до сих пор находится в Пизанском соборе. Когда его сплавляли по реке Арно из Флоренции в Пизу, в честь его прибытия вечером пизанцы зажгли все факелы на своих домах вдоль реки. С тех пор в этом городе, перед празднованием Дня святого Раньери 17 июня накануне вечером устраивают красивую иллюминацию: зажигают цветные лампочки на домах вдоль реки и на зданиях площади Чудес: собор, крестильня и Пизанская падающая башня. И сплавляют по реке Арно этот роскошный саркофаг с мощами святого на красивой лодке.
Про Козимо III есть даже легенда, которая гласит, что знаменитый итальянский десерт тирамису был приготовлен сиенскими кондитерами по случаю визита великого герцога в их город. Из-за этого тирамису также получило название «Суп герцога».
На вилле Медичи Петрайя Козимо III выбрал своей спальней маленькую комнату, потолок которой заказал украсить фресками с изображением всех флорентийских святых. Впоследствии герцог Пьетро Леопольдо Лотарингский решил превратить ее в капеллу, когда унаследовал виллу.
Проблема наследования престола
В начале XVII века сложилась сложная ситуация с наследованием престола Тосканы. Козимо III сначала возлагал большие надежды на своего старшего сына Фердинанда Медичи – красивого, образованного и утонченного молодого человека. После долгих поисков невесты он женил его на Виоланте Беатрис из Баварии. Но, похоже, Фердинанд унаследовал распутный нрав своей матери: на некрасивую жену он не обращал никакого внимания, искал приключения на стороне и вел разгульную жизнь. Однажды в Венеции он заразился сифилисом, и вскоре стало ясно, что детей у него не будет. Средняя дочь, умница и красавица Анна Мария Луиза, любимица отца, вышла замуж за курфюрста Пфальцского и уехала в Дюссельдорф. По салическому закону она не была наследницей престола, и, если бы в браке родились дети, они были бы наследниками ее мужа. Но и курфюрстина осталась бездетной вдовой, после смерти мужа она вернулась во Флоренцию. Младший сын Жан Гастон был женат на принцессе Анне Марии Франциске Саксен-Лауэнбургской и переехал к ней в Баварию. Но вскоре он сбежал от жены и вернулся во Флоренцию. Больше после этого он никогда не женился. Ожидать от него потомства было бесполезно – принц предпочитал мужчин.
Тогда Козимо III от отчаяния решил женить своего младшего брата, кардинала Франческо Марию Медичи. Между Франческо Марией и детьми его старшего брата была небольшая разница в возрасте, он был всего на три года старше Фердинанда. В раннем детстве ими занимались одни и те же воспитатели и учителя, Франческо Марию готовили к духовной карьере. Образование принца при этом было разносторонним: ему преподавали историю, географию, литературу, физику, астрономию и математику. Но, несмотря на это, он был очень легкомысленным и заслужил репутацию беспечного человека. Благочестию Франческо Мария предпочитал кутеж, охоту и отдых на природе, и все свои развлечения делил со старшим племянником Фердинандом. Ему бы стоило поменяться местами со старшим религиозным и благочестивым братом и управлять вместо него Тосканой, но судьба распорядилась иначе. Однажды Козимо назначил его губернатором Сиены, и принц показал себя опытным администратором: он укрепил положение дома Медичи в Сиене, завязал многочисленные официальные и неофициальные контакты, продолжал практику осушения болот Мареммы и уделял большое внимание образованию. В сентябре 1686 года папа Иннокентий XI возвел его в сан кардинала, и Франческо Мария переехал в Рим, но это не повлияло на его образ жизни. Как и все Медичи, принц был страстным коллекционером: он собирал картины, среди которых были полотна Тициана и Якопо Лигоцци, очень любил китайский и японский фарфор, святые реликвии, его страстью были театр и опера.