Франц Стефан говорил только по-французски, Мария Терезия говорила по-французски и по-немецки, Анна Мария Луиза тоже говорила по-французски и по-немецки. Курфюрстина передала в собственность герцога все, что имела, с упомянутым выше условием. Герцоги Лотарингские могли пользоваться имуществом Медичи, но не могли ни продавать, ни дарить, ни обменивать ничего из коллекции. Для себя она хотела лишь апартаменты во дворце Питти и загородную виллу Ла Кьете, которые после ее смерти тоже переходили в собственность Франца Стефана, и содержание в размере 40 000 скуди в месяц. Супруги Лотарингские пробыли в Тоскане около трех месяцев, кроме Флоренции они посетили Сиену, Пизу и Ливорно. Анна Мария Луиза показала им все дворцы, виллы, коллекции произведений искусства, драгоценности, посуду и всю мебель из серебра, которой были обставлены апартаменты дворца Питти: столы, стулья, ширмы, табуретки, даже кровати были из серебра. Великие герцоги Тосканы тогда считали, что дерево – слишком бедный материал, поэтому вся их мебель в те времена была из серебра.
Но именно мебель, семейное серебро и гардероб Медичи не были упомянуты в Семейном пакте с условием запрета на их вывоз за пределы герцогства Тосканского. Поэтому произведения искусства, драгоценности, оружие, научные инструменты сохранились в музеях Флоренции, а мебели Медичи и их нарядов там практически нет. Только некоторые сундуки и шкафчики, которые еще можно увидеть во дворце Питти и в палаццо Веккио. Всю мебель и посуду из серебра герцоги Лотарингские вывезли в Вену после смерти Анны Марии Луизы и расплавили для того, чтобы отливать серебряные монеты, а все роскошные наряды и обувь продали, чтобы рассчитаться с долгами.
После их отъезда принцесса снова занялась отделкой капеллы герцогов в базилике Святого Лаврентия. По ее заказу построили новую колокольню, на которой сейчас находится надпись с ее именем. В 1742 году, незадолго до смерти, Анна Мария Луиза заказала художнику Винченцо Меуччи украсить фресками небольшой внутренний купол церкви Сан-Лоренцо. Он расположен над пересечением нефа с трансептом, под этим куполом находится могильная плита ее далекого предка Козимо Старшего Медичи. Курфюрстина выбрала тему: «Слава флорентийских святых», а по углам живописец изобразил четырех Отцов Церкви: святого Амбросия, святого Августина, святого Иеронима и святого Григория Великого.
Она уже чувствовала боли в груди и знала, что жить ей осталось немного. Перед смертью Анна Мария Луиза много занималась благотворительностью, жертвуя крупные суммы денег больницам, детским приютам и монастырям. Она до конца жизни оставалась строгой и надменной дамой с чувством собственного достоинства. Но принцесса была больна: у нее развивался рак груди. Ее придворные врачи уже давно нащупали опухоль и понимали, что она является причиной плохого состояния здоровья Анны Марии Луизы. Но лечить рак тогда еще не умели, да и сейчас его не всегда успешно лечат. В декабре 1742 года принцесса сильно простудилась и подхватила лихорадку, которая ухудшила ее состояние.
Последняя представительница рода Медичи мирно скончалась в своей серебряной кровати во дворце Питти 18 февраля 1743 года. Британский политик и дипломат во Флоренции сэр Гораций Манн так написал о ее кончине: «Люди уверены, что ее унес ураган: в то утро задул сильнейший ветер, он продолжался два часа, а теперь солнце сияет вовсю – вот и все доказательство. И никого в этом не разубедишь, люди считают себя свидетелями случившегося. Ее оплакивает весь город». Кроме урагана разразилась сильная гроза, как будто само небо рыдало, оплакивая кончину принцессы. Но противники Медичи утверждали, что это дьяволы явились за душой последней из рода Медичи – люди быстро забывают то хорошее, что для них делают другие. А Медичи сделали много хорошего для Флоренции и Тосканы.
Она была похоронена со всеми подобающими почестями в семейном склепе Сан-Лоренцо. Проститься с последней Медичи собрались все местные жители. С ее смертью действительно угасла великая династия, которой Флоренция многим обязана. Своим завещанием Анна Мария Луиза Медичи отплатила флорентийцам за их преданность и создала основу для современного развития туризма в регионе Тоскана. После ее смерти известный в те времена врач-хирург больницы Санта-Мария Нуова во Флоренции Анжело Маннони решил посвятить свою жизнь исследованиям в области онкологии и впоследствии добился значительных успехов. Впоследствии Маннони опубликовал книгу под названием «Заболевания молочной железы», в которой описал результаты своих исследований. Это был первый труд в медицине, посвященный этой патологии. Таким образом, сама того не подозревая, Анна Мария Луиза Медичи своей болезнью и смертью стимулировала развитие науки в области медицины.