Под новый, 1861 год он отправляет в Петербург два прошения: одно в факультет университета, другое — попечителю петербургского учебного округа.
«Милостивый государь! — писал он попечителю. — Почти при самом конце моей двухлетней поездки за границу решаюсь обратиться к вам с просьбой содействовать продолжению ее еще на год… Сущность дела состоит в том, что в России плохо заниматься наукой… Причин на то много. Главные, конечно, две: недостаток во времени и недостаток в пособиях, необходимых для занятий… Начавши труд, которого конечные результаты не мог представить быстро достигнутыми, выполнив многие уже из необходимых предварительных работ и наконец успешно достигнув уже некоторых выводов, я с прискорбием должен думать теперь, что не буду иметь средств немедленно продолжать начатое дело в России, и потому решился просить об отсрочке моей командировки».
В прошении, отправленном в университет, Менделеев приводит те же самые соображения, но сверх того не преминул сообщить о своем участии в работе первого химического конгресса в Карлсруэ. Символичен самый факт участия Дмитрия Ивановича в работе этого конгресса, наведшего порядок в химической номенклатуре, четко определившего такие фундаментальные понятия, как атом, молекула и, главное, атомный вес. Ведь без выработки этих понятии, без ясного их определения было невозможно великое открытие Менделеева — периодическая система элементов.
Как ни странно, первое сообщение о подготовке конгресса дошло до Менделеева в такой форме, что он едва ли придал ему какое-нибудь значение. В апреле 1860 года Валерьян Савич прислал ему из Парижа письмо, в котором, между прочим, писал: «На праздниках пасхи были здесь Кекуле, Байер, Вельцын, Роско, да еще один химик-англичанин, которого я не знаю. Эти господа и после праздников еще здесь оставались с неделю, и, конечно, уже не до занятий было: то и дело, что фланировали по Парижу всею компанией». Так разрабатывался план, предложенный германским химиком Августом Кекуле осенью 1859 года. Крупнейшие химики Европы обменивались письмами и визитами, спорили, договаривались, и вся эта деятельность завершилась наконец тем, что к 3 сентября 1860 года в Карлсруэ съехалось более 140 ученых-химиков.
Менделеев приехал в Карлсруэ вместе с Зининым и Бородиным прямо из Швейцарии и был не только участником, но и активным членом комитета конгресса. С напряженным вниманием вслушивался Дмитрий Иванович в каждое слово. Скорее внутренним чутьем он ощущал, что перед ним разворачиваются события, для понимания которых важно знать не только что представляет собой тот или иной факт, но и что он означает.
Напомним: главные вопросы, которые решались в Карлсруэ, — это вопрос о различии атомов и молекул, вопрос об атомных и молекулярных весах и вопрос о формулах химических соединении. Высокому собранию надлежало сделать выбор между воззрениями увенчанных славой А. Лавуазье, Дж. Дальтона и Я. Берцелиуса и двух недавно умерших французских химиков — Ш. Жерара и О. Лорана. Конгресс склонялся в пользу Жерара и Лорана, внесших ясность в существовавшую тогда путаницу понятий. Именно они разъяснили, что такое атомный вес, что атом и молекула не одно и то же, что молекула может состоять как из разнородных, так и из одинаковых атомов.
Но вот прославленный академик, знаменитый французский химик Ж. Дюма начинает говорить, и в его речи звучит нечто такое, что заставляет Менделеева насторожиться. И эта настороженность прекрасно отражена в описании конгресса, которое он отправил Л. Воскресенскому.
«Дюма… старался поставить пропасть между старым и новым, искусственно уладить дело об обозначениях, предлагая в неорганической химии оставить старое обозначение, а в органической — принять новые… При этом Дюма прекрасно характеризовал оба существующие направления. Одно, говорил он, представляет ясное последование за Лавуазье, Дальтоном и Берцелиусом. Исходная точка для ученых этого образа мыслей есть атом, неделимое простое тело; все прочее есть сумма атомов, величина, производная от первой. Другая партия идет по пути… Жерара; она берет готовые тела и сравнивает их; она берет частицы тела, отыскивает изменения и сличает их физические свойства. Первая партия все сделала для минеральной химии, в органической она до сих пор бессильна, потому что здесь химия еще немногое может создать из элементов. Вторая партия, несомненно сильно двинувшая органическую химию, ничего не сделала для минеральной. «Оставим же, — говорил Дюма, — тем и другим действовать своими путями»…»