В марте 1861 года стало известно, что 25 и 27 февраля в результате нападения кавалерии на варшавян, выходивших из костелов после траурной службы в честь годовщины Гроховской битвы, были убитые и раненые. В конце сентября под влиянием этих событий начались студенческие волнения в Петербургском университете, завершившиеся закрытием его на неопределенный срок. А весной следующего года заполыхали знаменитые петербургские пожары: горел Апраксин двор, горели жилые кварталы, горели казармы…
«Всего в 1861 г., — докладывал царю шеф жандармов князь И. Долгоруков, — оказано крестьянами неповиновение в 1176 имениях… Убиты 140… ранены 170… наказаны шпицрутенами 117».
Мощные процессы, происходившие в толще русской народной жизни, оказались тесно связанными с демократическим движением российского студенчества, энергично выступившего против произвола царского правительства. И демократическая направленность передовой русской профессуры ни в чем, быть может, не проявилась так ярко, как в ее поддержке справедливых требовании студенчества.
Менделеев сочувствовал освобождению крестьян, как человек, далеко отстоящий от конкретных частностей реформы. Но очень скоро ему предстояло убедиться в том, что такие, казалось бы, далекие от деятельности доцента понятия, как земельные наделы, выкупные платежи и прочие частности, повлияют на все дальнейшее точение русской жизни и в том числе на течение жизни доцента Менделеева. В биографических заметках, написанных 45 лет спустя, Дмитрий Иванович упоминает о наиболее запомнившихся ему событиях этих лет: «Возвратился с долгом 1000 р. (А. И. Вышнеградскому для Фойхтман) и места не получил… Работал у Фрицше. Жил на Петербургской за 2-м корпусом, где уроки… Написал Органическую химию… 20 декабря при закрытии университета остался за штатом. Пожар Измайловского полка; польское восстание».
Из этой скупой записки видно, какое тяжелое время было тогда у Менделеева. «В денежных средствах Дмитрий Иванович, как мне казалось, всегда был стеснен», — писал приятель Менделеева М. Панков, вспоминая студенческие годы. Но только по возвращении из-за границы Дмитрий Иванович узнал, что такое настоящая стесненность в деньгах. Много лет спустя он говорил одному из своих коллег, что в эти годы он еле успевал на извозчике переезжать из одного учебного заведения и другое: столько ему приходилось тогда читать лекций. «Зачем же вы набрали так много работы?» — спросил его собеседник. «А вот почему: когда я жил за границей, у меня была интрижка, а от нее плод, за который и пришлось расплачиваться». Предметом этой интрижки была провинциальная немецкая актриса Агнесса Фойгтман, которой Дмитрий Иванович был сильно увлечен в Гейдельберге. Отношения между ними сложились трудные и доставили Менделееву немало душевных терзании: «Все мои беды оттого, что не единственно направление моей воли, то она уму повинуется… то следуешь за сердцем и оттого идешь за Фойгтман, когда бы надо было бежать…» Так или иначе, Менделеев заботился о дочери и высылал Фойгтман деньги до тех пор, пока девочка не выросла и не вышла замуж.
Заботы о заработке — вот что больше всего занимало Менделеева в это время. И, как назло, все было будто против него. Найти педагогическую работу в феврале, когда началась уже вторая половина учебного года, было очень трудно, и Дмитрий Иванович был близок к тому, чтобы вообще переехать в Москву, где Зинин хлопотал о месте для него в Сельскохозяйственном институте (ныне Тимирязевская сельскохозяйственная академия) и в Московском университете.
Но мало-помалу дела Менделеева начали выправляться. На первых порах выручил Воскресенский, передавший ему свое место преподавателя в корпусе инженеров путей сообщения. В новом учебном году Дмитрий Иванович с августа начал читать в университете органическую химию. И хотя в декабре в результате студенческих волнении университет закрылся на неопределенный срок и Менделеев оказался «за штатом», он отнюдь не оказался без лекций. В Инженерном училище он преподавал физику, в корпусе инженеров путей сообщения — химию, во 2-м кадетском корпусе — химию и физическую географию. В феврале 1862 года Менделеев вместо с И. Сеченовым, А. Бекетовым (братом Н. Бекетова, с которым Дмитрий Иванович познакомился в Париже), Н. Костомаровым и другими читал публичные лекции в зале городской думы. Лекции эти были своеобразным ответом преподавателей на решение министра народного просвещения закрыть университет. Министром тогда был граф Е. Путятин — адмирал, который с легкостью перешел с палубы фрегата «Паллада» в министерский кабинет.