Но в то время провокатора разоблачить не удалось. Он продолжал оставаться в организации и выдал заседание членов комитета и редакции на квартире Харика. Этим провокатором оказалась Шорникова. Она выдала охранке место и время заседания Комитета военной организации 19 июля 1906 года. На основании документов архива и показаний провокаторши и было составлено обвинительное заключение по делу военной организации.
Накануне мировой войны, боясь разоблачения, с помощью и на деньги охранки Шорникова бежала за границу.
На следствии Менжинский и его товарищи, как и подобает большевикам, вели себя мужественно, отказывались от каких-либо показаний. Жандармский ротмистр Колинг в протоколе допроса Менжинского от И сентября 1906 года записал: «Ответить на вопросы о себе отказался, лишь заявил, что к дознаниям не привлекался». Так вел себя Менжинский на протяжении всего следствия. В обвинительном заключении по делу военной организации, составленном 7 июля 1907 года, в отношении Менжинского записано: «Назвавшийся первоначально дврря-нином Деканским, помощник присяжного поверенного Вячеслав Менжинский виновным себя не признал и никаких объяснений по делу не дал».
Взбешенный стойкостью заключенного, ротмистр Колинг после допроса 11 сентября вынес постановление: «обвиняемого Менжинского заключить под стражу в отдельное помещение, о чем ему объявить. Копию с сего постановления препроводить в место заключения названного обвиняемого».
Потянулись однообразные дни в одиночке, без книг и газет, без общения с товарищами. В знак протеста в начале ноября Менжинский объявил голодовку. О голодовке Менжинского узнала вся тюрьма, заключенные, чтобы поддержать товарища, предприняли ряд коллективных демонстраций. Сведения о событиях в тюрьме просочились на волю. Боясь широкой огласки и связанных с этим неприятностей, 16 ноября 1906 года следователь и прокурор вынесли постановление: «обвиняемого Менжинского из-под стражи освободить, для пресечения же ему способов уклониться от следствия и суда, впредь до решения дела, отдать под особый надзор полиции».
Поздно вечером 16 ноября в камеру Менжинского вошли коридорный и старший надзиратель.
— Собирайтесь с вещами, — заявил старший надзиратель.
— Куда?
— Вы освобождены.
— Может быть, можно остаться до утра? — спросил Менжинский. — Я очень слаб и так поздно, ночью вряд ли дойду до дому.
— Раз освобождены, то сейчас надо уходить.
В сопровождении надзирателей Менжинский двинулся в контору тюрьмы. Здесь ему предъявили постановление следователя об освобождении и дали подписать бумагу. Ниже подписей следователя и прокурора Вячеслав Рудольфович написал: «Содержание настоящего постановления мне объявлено. Проживать буду с отцом на Николаевской улице близ Звенигородской. В. Менжинский».
Сопровождаемый надзирателями, Менжинский вышел во двор. Было холодно. В разрывах туч, на темном небе ярко сверкали зимние звезды. Тюрьма уже спала…
Тяжело повернулся ключ тюремного замка. Бесшумно отворилась железная калитка. Перешагнув порог, Менжинский очутился на воле. Пробираемый сырым петербургским ветром, прислонился к стене, ожидая, пока надзиратель найдет извозчика.
— Счастливого пути! — сказал тюремщик, помогая ослабевшему Менжинскому сесть в пролетку.
Извозчик тронул неказистую лошаденку.
— На Николаевскую, — сказал Менжинский, зябко кутаясь в плед.
«На свободу, — вспоминала Вера Рудольфовна, — Менжинский вышел без кровинки в лице, худой, слабый. Над ним был установлен полицейский надзор…»
Вместе с женой и детьми Менжинский поселился в Лесном, на станции Удельная Финляндской железной дороги.
Военная партийная организация оказалась живучей. Несмотря на арест активных членов комитета и редакции «Казармы», массовые аресты среди солдат, оставшиеся на воле руководители с помощью Петербургского комитета к августу 1906 года вновь наладили работу организации.
16 ноября 1906 года, в день, когда Менжинский вышел из тюрьмы, в Таммерфорсе (Финляндия) открылась первая конференция военных и боевых организаций партии. На конференции присутствовал представитель большевистского центра И. А. Саммер. Он привез письмо Ленина к конференции, в котором Владимир Ильич предупреждал работников военных организаций «от увлечения боевыми крайностями».
Конференция, руководствуясь ленинскими указаниями, высказалась за полное подчинение всей военно-боевой работы политическому руководству общепартийных организаций, по предложению Ярославского учредила «Временное бюро военных и боевых организаций».
Менжинский, теперь известный охранке, находившийся под следствием и особым надзором полиции, не мог принять активного участия в работе военной организации. Но, поправившись и набравшись сил после голодовки, он вновь включается в активную партийную жизнь. Партия поручает ему работу в Боевой технической группе при Центральном Комитете РСДРП и заведование техникой.
Организация явок и конспиративных квартир, транспортировка партийной литературы, борьба с провокаторами и шпиками охранки — вот что означало в те годы заведование партийной техникой.