Но не только радиаторы замедляли производство Me 109. И сам производитель Bayerische Flugzeugwerke испытывал серьезные трудности. Например, в конце лета 1936 года было определено, что первые 6 Me 109B из 634 заказанных (в октябре число заказанных «мессеров» увеличили до 740) будут готовы уже в декабре 1936 года. Но, как мы уже знаем, этот план был сорван.
Главная разница между ранними и поздними «Бертами» (обычно называемыми В-1 и В-2) заключалась в различных переделках, облегчавших технологию сборки и эксплуатацию самолета. Среди заметных внешне изменений можно назвать укорочение предкрылков, установка новой антенны, появление новых вентиляционных отверстий. К числу важных изменений относится и перенос маслорадиатора под крыло. Первоначально, маслорадиатор вообще не предусматривался конструкцией, а охлаждение масла осуществлялось другим способом. Однако очень быстро стало ясно, что маслорадиатор требуется и уже на первых «Бертах» под левым крылом у фюзеляжа появилось это устройство. Поскольку такое расположение было признано неудовлетворительным (радиатор забивался пылью и грязью во время взлетов и посадок), радиатор перенесли к углу левой колесной ниши, где он и оставался до конца выпуска «Jumo-шмиттов». Тут следует заметить, что прототипы В-0 имели маслорадиатор у угла колесной ниши, в то время как у первых В-1 маслорадиатор сначала находился у фюзеляжа, и лишь потом его перенесли.
Следующей модификацией Me 109 стал Me 109C («Цезарь»), который выпускался в нескольких вариантах (С-1, С-2, С-3 и С-4), но ограниченными партиями. Самолеты Me 109C-1 отличались от предшественников усиленным вооружением, которое состояло из четырех пулеметов MG 17. Кроме того, на самолеты ставился форсированный двигатель Jumo 210G, оснащенный системой впрыска топлива. Остальные варианты (исключая С-3) представляли собой лишь опытные образцы, а, возможно, и вовсе существовали лишь на бумаге. Их отличительной чертой было мощное вооружение. С-2 нес пять пулеметов, а С-4 — четыре пулемета и пушку. Серийно выпускался только Me 109С-3, причем серия насчитывала не более двух десятков машин. От С-1 «Цезарь-3» отличался тем, что в крыльях вместо пулеметов стояли 20-мм пушки MG FF. Поскольку барабан на 60 выстрелов не вписывался в профиль крыла, его пришлось выпустить вниз, прикрыв обтекателем. Похожим образом позднее поступили в отношении «Эмиля».
В качестве прототипов «Цезаря» выступали три самолета: Me 109V17 W.Nr. 1776 D-IMYS (позднее ТК+НК) с двигателем Jumo 210D и четырьмя пулеметами, Me 109V18 имевшим аналогичную конфигурацию, и Me 109V19 W.Nr. 1720, оснащенный двигателем Jumo 210G, и имевший крыло новой конструкции (Waffenfluegel). Крыло V19 было спроектировано таким образом, что в нем можно было на выбор устанавливать пулемет MG 17 или пушку MG FF. Боекомплект пушки 60 выстрелов, пулемета 420 выстрелов. Поскольку конструкция крыла не позволяла разместить ленту рядом с пулеметом, конструкторам пришлось пойти на необычное решение. Ленту растянули вдоль всей длины крыла вдоль лонжерона, уложив ее на подающих роликах, установленных у основания и в конце крыла. Пулеметная лента шла от конца крыла к его основанию, там делала поворот и снова шла к концу крыла до пулемета. Несмотря на необычность, подача ленты работала достаточно надежно и подобная схема применялась почти до самого конца выпуска серии Me 109E.
Среди трех прототипов образцом для Me 109C-1/C-3 послужил Me 109V19.