Прототипы с номерами от V9 до V12 были созданы на базе самолетов серии В-1, на что указывают их серийные номера. Me 109V9 (W.Nr. 1056) был оснащен двигателем Jumo 210G, a Me 109V10 (W.Nr. 1010) оснащался двигателем Jumo 210D и остался на заводе в Аугсбурге в качестве запасной машины главной программы развития. Me 109V11 (W.Nr. 1012) оснащался тем же двигателем, что и предыдущий прототип и нес четырехствольное вооружение. Вооружение состояло из четырех пулеметов MG 17 калибра 7,92 мм, из которых два находились в модифицированных крыльях. Возможность установить в крыльях пулеметы появилась после того, как укоротили предкрылки.
Прототип VII был доставлен в мае 1937 года в испытательный центр в Травемюнде, где до июля продолжались его испытания, вызванные серьезными переделками крыла. Следующий прототип — Me 109V12 (W.Nr. 1016) — появился в августе 1937 года. Машина отличалась новым вооружением. Вместо двух пулеметов в крыльях установили два 20-мм пушки MG FF. Самолет также направили в Травемюнде, где начались прочностные испытания. Два следующих прототипа — VI3 и V14 — были в порядке эксперимента оснащены двигателем DB 600, а позднее на V13 установили DB 601 А.
Три прототипа — V7, V10 и V14 — после доработок участвовали в авиасалоне в Цюрихе. На демонстрационные самолеты установили новые капоты без желобков для пулеметов. Остальные прототипы активно использовались в программе развития Me 109. Одним из таких экспериментальных самолетов стал Me 109V16, вооруженный четырьмя пулеметами и оснащенный двигателем Jumo 210D. Первоначально самолет предполагали использовать для создания палубного истребителя для авианосца «Graf Zeppelin», позднее планы были изменены.
Серийный выпуск Me 109B начался в феврале фирмой BFW в Аугсбурге (деревянные винты), а в начале января выпуск самолетов освоила фирма Fieseler из Касселя. До конца марта Fieseler выпустил 28 истребителей (W.Nr.3000–3028), из которых десять последних в марте 1937 года. В январе также начался выпуск Me 109 на фирме Erla в Лейпциге, где в феврале предполагалось собрать серию из 11 машин, оснащенных цельнометаллическим винтом. Данных, касающихся самолетов, собранных в Аугсбурге, найти не удалось. Известно лишь, что наибольший серийный номер среди самолетов, переданных в боевые части был W.Nr. 1046. Можно предположить, что выпуск серии продолжался до мая-июня 1937 года и не превысил 50 машин. Если это так, то самолетов с цельнометаллическими винтами было собрано 345 штук, а всего машин серии Me 109B в 1937 году произвели 395 экземпляров.
Выпуск «Берт» шел непросто. Правда, двигатели имелись в избытке (до конца 1936 года заводы фирмы Junkers Motoren в Дессау и Магдебурге выпустили 681 мотор Jumo 210), но главные трудности вызывала организация серийного производства. Кроме того, подводили поставщики. В качестве примера можно привести фирму Hans Windhoff AG, которая появилась в начале 1936 года на волне растущих государственных военных заказов. Фирма смогла выбить для себя контракт на поставку лицензионных радиаторов, разработанных фирмой Fieseler, однако не имела никакого опыта производства таких изделий. Восемь радиаторов TZ 3 фирма должна была доставить уже в ноябре 1936 года, но первые были готовы лишь в январе 1937 года. В дальнейшем поставки постоянно срывались. Это заставило RLM 30 января 1937 года разместить дополнительный заказ на фирме Sueddeutsche Kuehlerfabrik в Штутгарте с просьбой выпустить первые 20 радиаторов TZ 3 уже в феврале, поскольку заводы Erla и Fieseler простаивали.