В действительности Вилли Мессершмитт был лишь соавтором самолета, поскольку основную работу по созданию Me 109 проделал начальник конструкторского бюро BFW Роберт Люссер. Именно Люссер был автором самолета Me 108В, который оказался непосредственным предшественником Me 109. Если сравнивать снимки этих двух самолетов, но несомненно их сходство, а хвостовая часть фюзеляжа почти идентична. Именно Люссер предложил для Me 109 новый, более эффективный профиль крыла, в то время как Мессершмитт намеревался позаимствовать профиль у М 29. Именно Люссер разработал основные технические принципы самолета и следил за ходом работ, а также представлял фирму BFW во время обсуждений в RLM нового самолета. Впрочем, точно определить коэффициент трудового участия Мессершмитта и Люссера невозможно. Они оба были людьми с довольно тяжелым характером, постоянно делили между собой полученные лавры и спустя три года расстались. (Люссер на протяжении пяти последующих лет еще трижды менял работу). Мессершмитт, как победитель в конфликте, постарался вычеркнуть все упоминания о Люссере. Поэтому очень часто в качестве начальника КБ, создавшего Me 109, фигурирует фамилия В. Ре-теля, пришедшего в BFW лишь в марте 1938 года.
Согласно техзаданию C-Amt новый истребитель должен был быть монопланом с хорошей маневренностью и большой скоростью. Самолет должен был уверенно проходить пикирование и штопор. Однако четко требования к самолету не формулировались. В результате в конкурсе участвовал один низкоплан с неубирающимся шасси (Аг 80), один высокоплан с убирающимся шасси (Fw 159) и два низкоплана с убирающимся шасси, в том числе один с открытой кабиной (Не 112). Лишь машина, представленная фирмой BFW изначально и полностью отвечала всем требованиям перспективы.
Проектные работы над Me 109 длились до зимы 1934 года, после чего первый вариант был представлен в виде рабочего макета в мае того же года. В конструкцию самолета было решено внести определенные изменения: разместить трехточечное вооружение (в том числе пулемет MG 17, стреляющий через вал винта), заменить двигатель BMW 115 на BMW 116, а еще позже на Jumo 210. Окончательный макет был готов в октябре 1934 года. Осенью началась подготовка к выпуску заказанных RLM прототипов, которые были готовы в середине мая 1935 года. Столь быстрое развитие событий стало возможным благодаря активной помощи со стороны США и Великобритании, которые охотно предоставляли III Рейху технологии, лицензии и патенты, позволяющие создавать по настоящему современные образцы вооружений. Одним из важнейших образцов, попавших в Германию на гребне этой волны, был двигатель Rolls-Royce Kestrel V мощностью 695 л.с., который в то время был лучшим авиационным мотором в мире. Без этого мотора Me 109 так бы никогда не состоялся как истребитель, поскольку работы над предназначенным для самолета 600-сильным двигателем BMW 116 были свернуты, а филиал BMW-Flugmotorenbau GmbH был перепрофилирован на развитие звездообразных моторов, лицензию на которые Германия закупила у фирмы Pratt & Whitney. Образовавшуюся нишу попыталась занять фирма Junkers Motoren AG со своим Jumo 210, однако не было никаких шансов на то, что работы над двигателем будут закончены в срок. В итоге первый прототип Me 109 получил двигатель Rolls-Royce, вставший на новый истребитель «как влитой».