Осенью 1938 года проблемы вокруг DB 601A удалось в целом разрешить, а в декабре 1938 года началась подготовка к серийному производству Me 109E. В отличие от самолетов Е-0, вооруженных только двумя пулеметами (На многих Me 109Е-0 в крыльях имелись отсеки, в которые можно было установить как пулеметы, так и пушки, но большинство машин не несло вооружения в крыльях.), серийные «Эмили» выпускались в двух вариантах: «тяжелом» (с двумя пушками MG FF в крыльях) и «легком» (с двумя MG 17). В литературе принято считать, что Е-3 была вариантом развития варианта Е-1, но это не так. Как и во многих других случаях, это были два равноправных варианта, выпуск которых проходил параллельно. Оба варианта отличались друг от друга только вооружением.
Новую модификацию «мессера» было решено выпускать массовой серией, чтобы полностью переоснастить люфтваффе к началу войны. Желания военных были огромны. Летом 1938 года в разгар очередного международного кризиса был принят Lieferplan 8, который предусматривал подготовку к войне. Осенью 1938 года, когда кризис удалось снять политическими методами, план подвергся небольшому пересмотру. В ноябре приняли Lieferplan 9. План предусматривал выпуск 4331 Me 109 до апреля 1942 года. В декабре и 24 январе 1939 года план незначительно изменили, присвоив ему название Lieferplan 10. Однако все эти поправки не отразились на планах выпуска Me 109. В соответствии с последними вариантами Lieferplan 10 в январе 1939 года завод в Аугсбурге должен был дать первые 80 Me 109E-1 и 35 Me 109E-3, но намерений этих не удалось реализовать. До конца декабря 1938 года завод в Аугсбурге дал только два Me 109E-1 (W.Nr. 1791 и 1792), а в январе — 31 Me 109E-3 (W.Nr. 1793–1795,1797-1799,1802–1804,1927,1928,1931–1954). Всего завод в Аугсбурге выпустил 90 Е-1 и 75 Е-3, в то время как завод в Регенсбурге произвел 14 Е-1 и 35 Е-3.