Среди первых вариантов «Эмиля» имеется и Me 109E-2. Однако в отношении этого самолета существуют определенные неясности. Этот самолет планировалось вооружить 20-мм пушкой MG С/3 со стволом длинной 30 калибров. Несмотря на то, что получился самолет с мощным вооружением (3 пушки и два пулемета), но пушка MG С/3 весила 180 кг, а втиснуть ее в и без того тесный двигательный отсек «мессера» было очень непросто. Поэтому были собраны лишь два прототипа, испытания которых прошли в 1939 году. Одним из прототипов стал Me 109E-3 (W.Nr. 1952, СЕ+ВМ), выпущенный в Аугсбурге в январе 1939 года. Этот самолет (Обычно этот самолет идентифицируют как Me 109E-8 (V20) W.Nr. 5601. Но здесь, по-видимому, кроется какая-то ошибка. Данный серийный номер относится уже к диапазону номеров самолетов Me 109F-0 и поздних Me 109Е, выпущенных в конце 1940 года.) был сфотографирован и использовался в пропагандистских целях. Известны отдельные документы, датируемые периодом 1940–1942 г.г., которые свидетельствуют о том, что возможно данная модификация выпускалась ограниченной серией. Но если анализировать архивные материалы в комплексе, то такая возможность исключается. Например, рапорт, составленный штабом люфтваффе, определяющий потери за 1940 год, упоминает о трех поврежденных Me 109E-2. Первый из них из II/JG 27 был поврежден 8 августа, второй (W.Nr. 6236) из 6./JG 3 7 сентября, а третий (W.Nr. 3609) из 9./JG 3 2 сентября 1940 года. Однако, при ближайшем рассмотрении, все три самолета «появились» в результате ошибок при копировании документа.
Другой документ, подтверждающий существование серии Е-2, представляет собой приемочный акт словацких ВВС. В акте сообщается о приемке 14 Me 109E разных модификаций, в том числе двух Me 109E-2. Нет никаких сомнений в том, что оба Me 109E-2 представляют собой два прототипа. Не известно, были ли эти самолеты по-прежнему вооружены пушкой MG С/3, когда их во второй половине 1942 года передавали Словакии. Скорее всего, вооружение самолетов состояло из двух пушек и двух пулеметов.
Следующий вариант «Эмиля» — Me 109Е-7 — появился в сентябре 1940 года и характеризовался целым комплексом наружных особенностей. Первое, что бросалось в глаза, это наличие подвесного сбрасываемого бензобака емкостью 300 л (емкость внутреннего бака 400 л), что позволяло продлить время полета с почти 2 часов (для двигателя DB 601 А, работающего на 80 % на высоте 4000 м) до 2 часов 40 минут. Me 109E-4 стандартно оснащался двигателем DB 601N, но на практике встречались самолеты с DB 601 А. Причиной тому была как некоторая нехватка новых моторов, так и позднейшая переделка старых самолетов к стандарту Е-4/Е-7.
Прототип этого варианта собрали на фирме Arado, в архивах которой отмечен выпуск одного Е-7 в период май-июнь 1940 года. Все указывает на то, что прототипом стал Me 109E-3 (W.Nr. 1361), на который установили двигатель DB 601N, а также наружный пилон. Самолет W.Nr. 1361 испытывался в Рехлине уже в июле 1940 года. Это свидетельствует о том, что, вопреки общепринятому мнению, идея оснастить «мессер» подвесным баком появилась у немецких специалистов раньше, чем был проанализирован опыт французской кампании 1940 года. (Тут следует упомянуть о том, что идея использовать подвесные баки на Ju 87 и Me ПО прозвучала уже осенью 1939 года. Программу модернизации этих машин начали зимой 1939/40 г.г., результатом которой весной 1940 года люфтваффе получило самолеты Ju 87R и Me 110D, способные нести подвесные топливные баки.)