С этого момента начинается бурная деятельность патриарха Никона в сфере церковного и государственного строительства. Этому способствовало еще большее сближение царя и патриарха Никона: они вместе занимались всеми делами государства российского. Не случайно сам царь называл Никона «Великим Государем», «Патриархом всея великия и малыя и белыя Руси». В отсутствие царя во время военных походов, Никон управлял государством. Вместе с тем Никон всегда выступал за полную независимость церкви, больше того, он считал, что церковная власть важнее власти светской. Святую Русь он понимал не в узко национальном духе, а в духе нового Израиля, с истинным учением, с подлинно церковным обществом, которое более истинно, чем общество политическое, с православием, глубже других церквей выражающих христианское учение, с его животворной нравственной силой, способного преобразить дольний мир по образу мира Горнего. Именно этим объясняется его непримиримость ко всяким искажениям и извращениям христианского учения и учения Православной церкви. Этим же можно объяснить и его неутомимое церковное строительство как в сфере христианского учения, так и в возведении храмов и монастырей. По образу и подобию монастырей Афона Никон строит Иверский монастырь на озере Валдай, Крестный Кийский монастырь на острове Онежской губы, Воскресенский монастырь Нового Иерусалима под Москвой, доказывая великую традицию и преемственность православной Руси, Святой Руси как Нового Израиля: «Стараясь сохранить тенденции преемственности и каноническое единство Вселенской Эйкумены, Святейший Патриарх, призывая к соработничеству ученых мужей, сверяет московские печатные богослужебные книги с греческими и афонскими и исправляет расхождения, согласует обряды и чины с восточно-православной практикой; устраивает приходские школы, иконописные, ремесленные мастерские, типографии, заводит библиотеки; вникает в проблему землевладения с целью ее совершенствования; стремится к формированию активной дипломатии и военной стратегии с эффективным тактическим компонентом; организует регулярную армию и обеспечивающие ее производства, заимствуя технологии и зарубежный опыт; актуализируя иерократический принцип управления в Церкви «воинствующей», предлагает распространить его и на социально-государственную систему управления и т. д. Вся деятельность Патриарха Никона проникнута сознанием своего долга быть во всем согласным с правилами святых отцов и хранить их непреложно, всем своим служением строить и утверждать новый Израиль — Святую Русь»[310]
.Естественно, деятельность — церковная и государственная — Никона вызывала большое неудовольствие бояр и церковного клира, которые жаловались царю, писали на Никона доносы, но царь еще доверял Никону и не принимал против него никаких мер, считая в этом противостоянии Никона правым. Но постепенно враги Никона добиваются своих целей: они вбивают клин между ним и царем, который меняет свое отношение к Никону и в конце концов они совершенно расходятся — их отношения приобретают характер противостояния. Попытки примирения ни к чему не привели. Тогда Никон решается на невероятный шаг — оставить Патриарший престол, он меняет свое патриаршее облачение на монашеское одеяние и уходит из Кремля на Иверское подворье, а оттуда подается в Воскресенский монастырь. Все попытки вернуть его на Патриарший престол не имели успеха. На Большом Московском Соборе 1666 года, на котором присутствовали Патриарх Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий, Никону были предъявлены обвинения в том, что он самовольно оставил Патриарший престол, препирался с Государем, писался и назывался Государем, спорил с Собором, называл еретиком митрополита Газского и т. д. Собор принял решение о лишении Никона Патриаршего сана и о сослании его на покаяние в Ферапонтов монастырь под строжайшее наблюдение.
В 1671 году Алексей Михайлович в ответ на просьбу Никона, представил ему послабления — Никону позволили принимать посетителей и излечивать их от недугов.