После вступления игрок получает аудиокассеты, с помощью которых можно ознакомиться с некоторыми подробностями рассказываемой в игре истории. Так, Оцелот сообщает Снейку о мировых событиях: СССР собирается не ехать на Олимпиаду в Лос-Анжелесе в ответ на бойкот московской Олимпиады. После ввода советских войск в Афганистан эпоха «разрядки» (détente) закончилась, и президент США Рейган даже назвал СССР «империей зла»; отношения между сверхдержавами сильно обострены по сравнению с прошлым десятилетием. Также Оцелот кратко обрисовывает историю, рассказанную в
…Снейк находит Миллера в советском аванпосте в Гвандай Хар (Da Ghwandai Khar). Миллер потерял правую руку и левую ногу; он крайне измотан. Заместитель командира удивлен тому, что Змей нашел его так поздно, и это немного контрастирует с его представлениями о нем… Снейк возвращает Казу его солнечные очки, найденные на месте пленения; все его охранники были тогда убиты.
Змей выносит Миллера из дома на себе – тот не в состоянии ходить; через некоторое время случается сильный туман, который создается неким Паразитным Отрядом (Parasite Unit). Это – оперативники XOF, захватившие Каза и убившие его охранников. Героям удается обойти патруль; на прилетевшем вертолете они возвращаются на Базу у Сейшельских островов в Индийском океане, которой ранее руководил Миллер.
Во время полета и после приземления Каз алчет возмездия; он глубоко горюет о потерянных товарищах и о своих потерянных конечностях. «Почему мы все еще живы?.. Лишь для того, чтобы страдать?..» – вопрошает он. До сих пор он чувствует фантомную боль… «Сайфер отправил нас в ад, но мы пойдем еще глубже… Мы вернем все, что потеряли…» – говорит он. На это Снейк говорит ему, что уже сам чувствует себя «демоном». Сайфер разросся за эти годы, и теперь предстоит тяжелая война с ним… В Афганистане героям надо будет собрать имеющуюся о нем информацию, найти денежные средства и солдат. Миллер уверен, что теперь, когда Биг Босс вернулся, База станет еще больше и лучше, чем прежде… Снейк спрашивает у Миллера, что для этого нужно сделать.
Бриллиантовые псы
Прилетевших на Базу героев приветствует Оцелот; Миллера забирают в медицинский отдел. Теперь армия, которой руководит герой, называется «Даймонд Догз» (Diamond Dogs716
). Снейк принимает командование; но он говорит, что всем им надо сражаться не из-за прошлого, не только ради самих себя, но ради будущего.Здесь происходит обучение главного героя. Оцелот знакомит его с Базой; с системой «Фултон», которая будет, как и в прошлой игре, очень важна для набора команды; с картонной коробкой и техникой CQC, которую герой отрабатывает на собственных солдатах (как и в
Военные контракты
Сюжетные эпизоды 3—5 являются поступившими к «Даймонд Догз» военными заказами. В первом из них нужно ликвидировать офицера Спецназа (но более естественным вариантом является его отправка на Базу с помощью системы «Фултон», мы ведь с вами пацифисты, не так ли?), во втором – уничтожить советские установки связи, в третьем – спасти ученого, создавшего бионическую руку (которая, кстати, была и у Задорнова). К большому сожалению, большинство миссий в
Во время выполнения заданий герой находит щенка без правого глаза и берет его в команду; со временем это будет «Даймонд Дог» (D-Dog), один из возможных компаньонов Снейка, который, в частности, существенно упростит обнаружение противников.
Где спят пчелы?
В эпизоде 6 Снейк принимает задание от ЦРУ, связанное с пропавшими в Смасеи Ламан (Da Smasei Laman) моджахедами; им была передана новая ракетная установка «Хани Би» (Honey Bee, «Пчела»). теперь американцы опасаются, что ее могут захватить Советы; Снейк должен вернуть ее.