Герой, так или иначе, находит единственного выжившего моджахеда717
, который сообщает ему, где находится «Хани Би»; затем герой находит установку, однако на выходе ему устраивает засаду сам Скаллфейс. Он захватывает его огромной механической рукой и говорит Ядовитому Змею, что тот становится «демоном» из-за каких-то мелких игрушек вроде «Хани Би»… «Покойся с миром», – наконец говорит антагонист и желает «приятной встречи» в аду. Также перед столкновением со Скаллфейсом герой видит в окружающем тумане Третьего Ребенка…Рука освобождает Снейка, и он оказывается окружен Туманным Отрядом (Mist Squad), частью Паразитного Отряда. Герой ликвидирует его и успешно уходит с заполученной установкой.
Что это было? Это было весьма короткое и довольно странное первое столкновение со Скаллфейсом в
Покрытая тишиной
Направляясь к руинам в Аабе Шифао (Aabe Shifao Ruins), Снейк попадает в засаду, устроенную женщиной-снайпером по имени Квайет718
(Quiet). Квайет пытается убить Змея, но тот в снайперском бою нейтрализует ее. Миллер хочет, чтобы герой убил снайпера, тогда как Оцелот просит иного – привезти ее на Базу.Во время полета к Базе вертолет со Снейком и Квайет начинает преследовать истребитель. Героям удается сбить его, хоть и не без проблем; решающим здесь оказывается точный выстрел в пилота, исполненный Квайет.
Вертолет со Снейком пытается приземлиться на Базу, но его окружают солдаты, а также два парящих рядом вертолета. Миллер совсем не хочет видеть девушку здесь, но Квайет «включает» невидимость и оказывается прямо у него за спиной. Ее окружают, и Миллер приказывает убить ее, на что Оцелот возражает тем, что Квайет спасла Снейка. Во время их спора Змей приказывает отвести ее в камеру. Он говорит Миллеру, что он, если будет нужно, сам нажмет на курок…
На следующем задании Квайет захочет присоединиться к Снейку, что опять вызовет споры. Каз возражает, что она не говорит, поэтому непонятно, как именно она сможет коммуницировать с героем? Однако Оцелот проверяет ее боевые способности, и они оказываются потрясающими… Со временем Квайет станет надежным партнером героя на заданиях.
Позднее Оцелот сообщит Снейку, что Квайет дышит через кожу; видимо, ее тело способно к фотосинтезу, как и в случае с легендарным снайпером Эндом.
Очарованный адом
Миллер сообщает, что в момент атаки на MSF 9 лет назад Хьюи находился в башне управления (Control Tower) Материнской Базы; его тело не нашли. Ученый настаивал на прохождении инспекции, поэтому Каз подозревает его в измене. Хьюи, видимо, тогда улетел на вертолете отряда XOF…
От ученого поступил сигнал бедствия – он был взят в плен Сайфером и теперь хочет перейти на сторону «Даймонд Догз». Миллер желает выяснить, что же случилось 9 лет назад, и поэтому просит героя вернуть Хьюи.
Снейк добирается до Серакской электростанции (Serak Power Plant). Он слышит, как Скаллфейс говорит Хьюи, что не хочет использовать модуль ИИ – это, с его точки зрения, было ошибкой, которую совершил Колдмен 10 лет назад (как мы помним, «Мироход» затопил сам себя и не нанес ответный удар). Ученый на этот раз имеет механические ноги. Черепа проинформировали о том, что Хьюи тайно связался с Биг Боссом, и из-за этого Скаллфейс толкает ученого с лестницы. Он велит перевести Хьюи в палаточный лагерь (base camp) – тот еще может быть полезен…
В лагере герой находит лабораторию с Хьюи во главе; присутствующий там модуль ИИ (Mammal Pod), «видящий» Снейка, как будто не узнает его; однако Эммерих говорит, что это всего лишь машина, которая, как и он, удивлена его внешнему виду – наверное, имеется в виду рог на голове героя. Снейк забирает ученого; при побеге можно использовать Волкер Гир (Walker Gear), небольшую двуногую машину, которая создана для ее использования человеком. Волкеры Гиры разработал Хьюи.
Забирающий героев с места посадки (Landing Zone) вертолет сталкивается (не в прямом смысле) с новым Метал Гиром под названием «Сахелантроп»719
(Sahelanthropus), над которым работал Хьюи; также рядом с Метал Гиром виден Третий Ребенок. Скаллфейс, находящийся в руке «Сахелантропа», предрекает героям смерть, но они от него и от нее скрываются. Хьюи как будто удивлен тому, что Метал Гир завершили без него, однако Снейк ему не верит и надевает ему пакет на голову…На Базе ученый подвергнут допросу; его подозревают в худшем. Но Хьюи обвиняет во всем Миллера, ведь тот раньше тоже был связан с Сайфером… Оцелот вводит подозреваемому большую дозу сыворотки правды; Миллер также участвует в пытке. Но в итоге Каз начинает считать, что сыворотка не работает. Оцелот говорит, что главная проблема с Эммерихом состоит в том, что тот обманул сам себя, и поэтому он – это самый «крепкий орешек», который наиболее трудно расколоть… Снейк полагает, что всем им необходимо серьезное доказательство, нельзя обвинять ученого просто так…