Когда у царского советника князя Никиты Одоевского умер сын, Алексей отправляет боярину очень длинное послание с трогательными утешениями: «И тебе, боярину нашему и слуге, и детям твоим через меру не скорбеть, а нельзя, что не поскорбеть и не прослезиться, и прослезиться надобно, да в меру, чтоб бога наипаче не прогневать, и уподобитца б тебе Иову праведному… И тебе, боярину нашему, уповать на бога и на пречистую его матерь, и на всех святых, и на нас, великого государя, быть надежным, аще бо изволит, то мы вас не покинем, мы тебе и с детьми и со внучаты по бозе родители, аще пребудете в заповедех господних и всем беспомощным и бедным по бозе помощники. На то нас бог и поставил, чтобы беспомощным помогать. И тебе бы учинить против сей нашей милостивые грамоты одноконечно послушать с радостию, то и наша милость к вам безотступно будет».
С другим царским любимцем, Афанасием Ординым-Нащокиным, произошла беда по понятиям эпохи еще более страшная. Сын боярина, воспитывавшийся в любви ко всему западному и возмущавшийся российской отсталостью, жил вдали от столицы. Но однажды наведался в Москву, и там, по выражению Соловьева, «стошнило ему окончательно». Молодой человек сбежал к польскому королю, а потом перебрался во Францию, то есть стал государственным преступником, изменником. Вместо того чтоб корить Афанасия Лаврентьевича за недосмотр и дурное воспитание отпрыска, царь утешает несчастного отца: «Воистинно зело велик и неутешим плач, кроме божия надеяния, обоим вам, супругу с супружницею, лишившеся такового наследника и единоутробного от недр своих, еще же утешителя и водителя старости и угодителя честной вашей седине и по отшествии вашем в вечные благие памятотворителя доброго… А что будто и впрямь сын твой изменил, и мы, великий государь, его измену поставили ни во что, и конечно ведаем, что кроме твоея воли сотворил, и тебе злую печаль, а себе вечное поползновение учинил… Он человек молодой, хощет создания владычня и творения руку его видеть на сем свете, якоже и птица летает семо и овамо и, полетав довольно, паки ко гнезду своему прилетает: так и сын ваш вспомянет гнездо свое телесное, наипаче же душевное привязание от святаго духа во святой купели, и к вам вскоре возвратится». (Молодой Ордин-Нащокин действительно, несколько лет пожив в Европе, вернулся в Россию – и был помилован.)
Доброта Алексея Михайловича была не просто природным качеством, но и следствием глубокого религиозного чувства. Царь был искренним христианином – во всех его поступках чувствуется стремление «поступать по-божески», даже если это неполезно в политическом и государственном смысле. Набожность составляла одну из главных черт этого характера.