Единственный эксперимент в области внутриполитических преобразований, проведенный Ординым-Нащокиным, был локальным.
В 1665 году боярина временно назначили воеводой в Псков (оттуда было удобнее вести переговоры с Речью Посполитой). Афанасий Лаврентьевич воспользовался этим, чтобы на примере родного города явить пример разумного управления по европейскому образцу.
Он начал с того, что попытался ввести самоуправление: собрал «лучших людей» и стал с ними советоваться о «градском устроении». Так было составлено положение о правилах общежития. Горожане должны были сами выбрать совет из 15 членов, которые посменно, пятерками, руководили бы всеми псковскими делами: арбитражными, хозяйственными, торговыми, податными, таможенными, питейными. Воевода оставлял за собой только суд по тяжким преступлениям. Важное место в положении отводилось коммерции, поскольку Псков был городом приграничным и активно торговал с иноземцами, но вечно проигрывал им в конкурентной борьбе из-за нехватки капиталов и розни между русскими купцами. Ордин-Нащокин предложил организовать товарищества, где мелкие торговцы могли бы стать младшими партнерами крупных коммерсантов, причем еще и получали бы ссуды от города. Планировалось также проводить ежегодно по две ярмарки, организацией которых тоже ведал бы городской совет.
В этом проекте ощутимы явные параллели с европейским городским Магдебургским правом и устройством западных торговых компаний. Идея, конечно, была прекрасная, но в условиях России неосуществимая. В ту государственную систему «вольные» или самоуправляемые городские общины совершенно не вписывались. Поэтому царь Алексей сначала добродушно одобрил начинание своего любимца, а когда бояре и московские купцы запротестовали, заявив, что не может один Псков существовать наособицу от остальной страны, царь так же покладисто принял их сторону.
Через восемь месяцев Ордин-Нащокин из Пскова уехал, и следующий воевода все чудесные реформы сразу же отменил. При «ордынской» модели государства это был единственно возможный исход.
Пока Ордин-Нащокин конфликтовал только с боярством, он еще как-то держался, но в 1671 году у него возникли принципиальные разногласия и с самим царем по важному вопросу польско-русских отношений. Афанасий Лаврентьевич был сторонником сближения с Варшавой, веря в союз славянских государств, но в Москве возобладала «жесткая» линия. Глава дипломатического ведомства был с нею не согласен и подал в отставку – редкий для московской Руси пример добровольного ухода с поста из принципиальных соображений.
С такой высокой должности уйти можно было только в монастырь, что Ордин-Нащокин и сделал. Он принял постриг и остаток жизни провел в одном из псковских монастырей, попечительствуя над богадельней, устроенной на его средства.