На основе Договора об образовании Экономического союза Бенилюкс были образованы комиссии и специальные комитеты по различным областям (внешнеэкономические связи, валютно-финансовые вопросы, промышленность и торговля, сельское хозяйство, продовольствие и рыболовство, таможенные и налоговые вопросы, транспорт, социальные вопросы, свободное передвижение и поселение лиц, вопросы юстиции, координирование статистики, сравнение бюджетов государственных и негосударственных органов, здравоохранение, малые и средние предприятия, туризм, муниципальное планирование, окружающая среда, энергетика, сотрудничество в административной и юридической сферах). Во главе генерального секретариата стоит коллегия генеральных секретарей, состоящая из генерального секретаря и двух его заместителей. Политическая роль генерального секретариата значительно выросла. С 1975 г. коллегия генеральных секретарей получила права законодательной инициативы при принятии директив. Объединенным службам поручается выполнение специальных задач, например в области товарных знаков и дизайна. Межпарламентский консультативный совет состоит из депутатов парламентов: по 21 из Бельгии и Нидерландов и 7 из Люксембурга. При их назначении учитывается степень влияния политических течений в трех странах. Совет принимает рекомендации для правительств стран-участниц. Совет полномочен решать не только экономические проблемы, но и вопросы политического сотрудничества. Консультативный совет по экономическим и социальным вопросам состоит из 27 представителей экономических и социальных организаций трех стран (Бельгия – Центральный экономический совет и Национальный совет труда; Люксембург – Экономико-социальный совет; Нидерланды – Социально-экономический совет). Для решения спорных вопросов, возникающих между государствами-членами в связи с выполнением договора или конвенций, образована арбитражная коллегия. Судебная палата создана для содействия единому толкованию совместно принятых правовых норм. Она наделена тремя видами полномочий: судебными, консультативными и судебными по делам государственных чиновников.
В 1953 г. в Гааге три страны подписали Протокол об ускорении процесса координации экономической и социальной политики и Протокол о проведении единой торговой политики в отношении импорта и экспорта в торговле с третьими странами. Подписание этого Протокола имело большое значение для торговли импортными товарами внутри стран Бенилюкса. Впоследствии положения Протокола о единой торговой политике полностью вошли в текст Договора об образовании Экономическом союза Бенилюкс. В 1954 г. было подписано Соглашение о свободном движении капитала между тремя странами, а в 1955 г. – Соглашение о постепенном урегулировании сельскохозяйственной политики. С 1955 г. был создан Межпарламентский консультативный совет Бенилюкса. В 1956 г. подписан Протокол о свободном передвижении рабочей силы и единой политике в сфере социального страхования. С 1956 г. страны Бенилюкса начали совместно заключать торговые договоры с третьими странами.
По мере развития Бенилюкса возникла необходимость сформулировать в едином документе методы и формы сотрудничества и зафиксировать достигнутые результаты. Создание Европейского экономического сообщества ускорило эту работу. В связи с возникновением новой международной группировки странам Бенилюкса было необходимо определить будущее своего собственного Союза, что и привело их к подписанию Договора об образовании Экономического союза Бенилюкс в 1958 г.
В 1957 г. Франция, ФРГ, Италия и страны Бенилюкса подписали Договор о создании ЕЭС. С 1957 г. началась работа над проектом Договора об образовании Экономического союза Бельгии, Нидерландов и Люксембурга. Как указывалось, договор был подписан в 1958 г. в Гааге. Одновременно с ним было подписано Соглашение о переходном периоде. Парламентские дебаты в процессе ратификации Договора выявили серьезные разногласия по вопросу о сельскохозяйственном рынке, что задержало его вступление в силу в 1960 г. В процессе ратификации с 1 июля 1960 г. был ликвидирован контроль за передвижением лиц между странами Бенилюкса. В 1960 г. была подписана, а с 1963 г. вступила в силу Конвенция, регулирующая права граждан стран Бенилюкса, пребывающих на территории других стран-участниц. Эта Конвенция предусматривала свободу проживания граждан одной страны на территории другой страны Союза при подтверждении наличия средств существования в этой стране. Деятельность Экономического союза Бенилюкс была наиболее активна до создания ЕЭС, в которое с 1958 г. вошли все три страны.