Со стороны заднего днища рабочего отсека установлен негерметичный агрегатный отсек: его диаметр 4,15 м, длина 2,2 м. В агрегатном отсеке размещаются объединенная двигательная установка, радиоантенны, датчики системы ориентации солнечных батарей, антенны, световые индексы и мишени системы сближения, телевизионная камера контроля причаливания кораблей к станции со стороны агрегатного отсека.
В состав объединенной двигательной установки входят два корректирующих реактивных двигателя тягой 300 кг каждый, 32 управляющих реактивных двигателя тягой 14 кг каждый, шесть топливных баков с сильфонными разделителями газа и топлива, баллоны с газом для наддува баков, насосы для откачки газа из баков при дозаправке и пневмогидроавтоматика. В качестве компонентов топлива используются диметилгидразин (горючее) и азотный тетроксид (окислитель). Корпус агрегатного отсека термостатируется за счет прокачки жидкого теплоносителя с заданной температурой через трубки, приваренные к оболочке отсека.
По оси агрегатного отсека расположена промежуточная камера. Одним концом она вварена в заднее днище рабочего отсека и соединяется с ним через люк, на другом конце камеры установлен второй («задний») стыковочный узел, к которому могут причаливать как пилотируемые транспортные, так и автоматические грузовые корабли. Внутри промежуточной камеры была установлена технологическая печь «Кристалл». На стыковочном узле размещены два гидроразъема, через которые проводилась заправка объединенной двигательной установки из грузового корабля.
В 1978 г. на базе станции «Салют-6» был создан пилотируемый орбитальный научно-исследовательский комплекс, включающий также транспортные космические корабли «Союз» и автоматические грузовые корабли «Прогресс». Основные характеристики станции «Салют-6» и орбитального комплекса следующие:
масса станции после ее выведения на орбиту — 18 900 кг
масса орбитального комплекса (с двумя кораблями) — 32 500 кг
масса научного оборудования, выводимого на орбиту непосредственно станцией, — 1500 кг
общая длина (с двумя кораблями) — 29 м
длина станции — 15 м
максимальный диаметр станции — 4,15 м
максимальный поперечный размер (по раскрытым солнечным батареям) —17 м
общая площадь солнечных батарей — 60 м2.
На «Салюте-6» были установлены такие крупные научные инструменты, как субмиллиметровый телескоп БСТ-1М массой 650 кг и диаметром главного зеркала 1,5 м и многозональная фотоаппаратура МКФ-6М, разработанная специалистами СССР и ГДР и изготовленная в ГДР; масса фотоаппаратуры МКФ-6М — 170 кг.
Орбитальная станция «Салют-6» была запущена 29 сентября 1977 г. и функционировала в пилотируемом и автоматическом режимах до 29 июля 1982 г., т. е. ее полет продолжался 4 года 10 мес. За это время на ее борту работали 5 основных экспедиций продолжительностью 96, 140, 175, 185 и 75 суток и И краткосрочных экспедиций, в том числе восемь международных по программе «Интеркосмос». Со станцией осуществили стыковки 35 космических аппаратов, 27 космонавтов работали на ее борту. Общее время функционирования станции в пилотируемом режиме составило 676 суток.
В совместных полетах со станцией успешно проведены испытания усовершенствованного транспортного корабля «Союз Т». Полностью оправдала себя эффективная система материально-технического снабжения пилотируемых комплексов с использованием автоматических грузовых кораблей «Прогресс», которые доставили на станцию свыше 22 т различных грузов. Это обеспечило продолжительную работу экспедиций, позволило существенно пополнить состав научной аппаратуры станции и расширить программу исследований, провести комплекс ремонтно-профилактических мероприятий, что значительно увеличило срок функционирования «Салюта-6» на околоземной орбите.